شوراى وزيران: از وزراى خارجه كشورهاى عضو يا جانشينان آنها تشكيل مى‌شود. شوراى وزيران، در سال، شش بار يعنى هر دو ماه يكبار اجلاسيه دارد و جلسه‌هاى فوق العاده بنا بر پيشنهاد دو كشور تشكيل مى‌شود. وظايف و اختيارات اين شورا به شرح زير است:
١- تهي سازمانهاى بين‌المللى و منطقه‌اى ١٤٠ شكل گيرى بازار مشترك ص : ١٣٩ ه نظام اساسى دبيرخانه.
٢- ايجاد زمينه‌اى براى تشكيل شوراى عالى و تهيه برنامه جلسه‌هاى آن شورا و مطالعه توصيه‌ها، قوانين و لايحه‌ها.
٣- تهيه توصيه‌ها، سياستها، مطالعات و طرحهايى كه موجب گسترش و هماهنگى بيشتر ميان كشورهاى عضو، در همه زمينه‌ها مى‌شود.
٤- تهيه و تنظيم سياستهايى براى ايجاد زمينه‌هاى همكارى و هماهنگى بين فعاليتهاى مختلف بخش خصوصى.
دبيرخانه: كه از دبيركل و كاركنان تشكيل مى‌شود، تحت رياست دبير كل قرار دارد كه توسط شوراى عالى تعيين مى‌شود. دبير كل بايد از اتباع كشورهاى عضو باشد.
دبيركل بطور مستقيم در برابر كارهاى معاونين و فعاليتهاى دبيرخانه و حسن انجام كارها در بخشهاى مختلف مسؤول است.
بررسى عملكرد شوراى همكارى‌ ابعاد همكاريهاى اقتصادى، نظامى، سياسى و اجتماعى شورا، در سالهاى ١٩٨١- ١٩٩١ را مى‌توان به شرح زير بيان كرد:
محور فعاليتها بيانگر اين نكته است كه اين شورا، يك سيستم «امنيت دسته جمعى» است كه هدف آن «دفاع و امنيت» مى‌باشد.
الف- همكاريهاى امنيتى‌