والعلماء الماضين برجال المخالفين الذين لا يتهمون فيما يروونه وينقلونه، من التعبير على مولانا أمير المؤمنين علي عليه السلام بامير المؤمنين، مما لا يبقى شك فيه عمن وقف عليه وعرفه من المصنفين... وقد سبقنا إلى ذكر تخصيصه ما اشرنا إليه خلق من أهل الاصطفاء حتى مدح به على لسان الشعراء... وربما تكلمت الأحاديث بتسمية مولانا علي عليه السلام بامير المؤمنين وبإمام المتقين وبسيد المسلمين وبيعسوب الدين ما يكشف عنها عدد الأبواب في هذا الكتاب. لانا نذكر في كل باب حديثا واحدا ومن أي كتاب نقل منه وما نجده من مصنف أو راو أخذ ذلك عنه. وهذا آن الابتداء في الكتاب الذي كنا رتبناه في ذلك الباب من كتاب (الأنوار الباهرة في انتصار العترة الطاهرة) نحكي كل حديث بالفاظه ومعانيه ونجعل ما يليق به فيه. وهذا عدد أبواب كتاب اليقين نذكرنا أولا على التعيين ليعلم الناظر لها ما اشتمل الكتاب عليه فيقصد منه الموضع الذي يحتاج إليه انشاء الله تعالى). أقول: الفهرس موجود في نسخة مكتبة المرعشي ومكتبة مجلس الشورى ولم نجده في ساير النسخ التي بأيدينا وفي نسخة (المشكاة) تجد هنا بياضا بقدر سطر يوهم وجود كلام هيهنا، وفى نسخة (ملك) هنا كلمتان لم تقرأ. نعم زاد في أول نسخة المشكاة قبل الشروع في الكتاب فهرسا في ١٦ صفحة ذكر عدد الأبواب إلى الباب ١٢٩، وليس عليه أي علامة يدل على جزئيته للكتاب. ونحن وضعنا فهرسا يتضمن بيان عدد الأبواب ومحتواها تراه آخر الكتاب في الفهارس الموضوعة هناك. ثم قال: (وحيث قد تكملت أبواب كتاب اليقين وبلغت إلى مائة وأحد وتسعين فنحن الآن ذاكرون بيان ما كشفناه في الأنوار الباهرة في انتصار العترة الطاهرة بالحجج القاهرة... وخطبة ذلك الكتاب على ما تضمنه من الصواب).