هو الشيخ جعفر بن الشيخ خضر بن يحيى بن مطر بن سيف الدين من القبيلة المعروفة بآل عِلي من سلالة مالك الأشتر (رضى الله عنه)، ولد سنة (١١٥٦ ه-) في النجف الأشرف، كما صرح به حفيده الشيخ علي في كتابه الموسوم ب-- (الحصون المنيعة) ونشأ في جو عابق بالإيمان مما هيأه أن تَنْزَعَ نفسه إلى طلب الفضائل والتحلي بمحاسن الخصال والاستزادة من طلب العلم والارتشاف من مناهل المعرفة.

أساتذته:

كان أول أساتذته هو والده المقدس الورع الشيخ خضر فقد حضر عليه بُرْهَةً من الزمن، ثم دَرَسَ على الشيخ محمدتقي الدورقي، والشيخ محمد مهدي العاملي الفتوني وكان غالب تلمذته عليه، والسيد صادق الأعرجي الشهير بالفحام، والفقيه المجدد الآقا محمدباقر الشهير بالوحيد البهبهاني، كما حضر على السيد محمّد مهدي الطباطبائي الشهير ببحر العلوم ستة أشهر تقريباً للتَيمُّن والبركة؛ لأن الشيخ كان من أقرانه في العلم والفضل، ثم ترقى في مدارج العلوم حتى أصبح يُشار إليه بالبنان بين علماء عصره الأعلام بل أصبح المرجع الأعلى، وقد أطراه وأشاد بذكره كل من تعرض إلى ترجمته من أعلام المؤلفين في قديم الدهر وحديثه، ومظانَّ ترجمته أكثر من أن يأتي عليها الحصر، وقد تركناها روماً للاختصار ومراعاة للمقام.

تلامذته:

تخرج في مدرسته جمهرة كبيرة من أعلام الفضل وأساطينِ العلم والعلماءالأجلاء ومن أبرزهم أولاده الأعلام الثلاثة الشيخ موسيمصلح‌