١٣٨٨ در كشورمان رخ داد. يكي از عوامل ايجاد و گسترش اين فتنه آن بود كه مسئلة ولايت فقيه، از نظر علمی و فکری، آن‌گونه كه بايد، برای برخي از خواص روشن نبود. برخي از مسئولان كشور، بارها، اذعان مي‌كردند كه ولايت فقيه را به اين دليل مي‌پذيرند كه در قانون اساسي مطرح شده است. نتيجة اين ديدگاه آن است كه اگر، اساساً، اين موضوع در قانون اساسي نیامده بود، آنان ولايت فقيه را نمي‌پذيرفتند. دراين‌صورت، اگر قانون اساسي تغيير كند و اصل مربوط به ولايت فقيه از آن حذف شود، از نظر آنان ديگر اصل ولايت فقيه اعتباري ندارد. از طرفي، اين عده اعتبار قانون اساسي را هم به رأي مردم مي‌دانند و از‌اين‌رو اگر مردم نظرشان عوض شود و بگويند كه ما اصل ولايت فقيه را قبول نداريم، ديگر ولي فقيه مشروعيت ندارد و لذا اين اصل در قانون اساسي نيز از اعتبار مي‌افتد! پس اگر كسي فكرش چنين باشد، ديگر ولايت فقيه را عنصر قوام‌بخش شيعه نخواهد دانست و لزومي بر اطاعت از ولي فقيه نمي‌داند. چنين كساني حکم ولی فقیه را، حداكثر، همچون قانون مجلس مي‌دانند كه مي‌توان گاهي با آن مخالفت كرد و با وارد آوردن فشار و انجام شورش، تظاهرات و اعتصاب، آن را تغيير داد. در فتنة ١٣٨٨، عده‌اي با همين نگاه، تظاهرات و تجمعات غيرقانوني را شكل دادند تا ولي فقيه در برابر خواستة نابجاي آنان مبني‌بر ابطال انتخابات تسليم شود و برخلاف قانون عمل كند! مشكل در اينجا اين است كه اينان بسیاری از مطالب اساسی دینی، ارزشی و انقلابی خود را، آن‌طور که باید و شاید، از نظر فکری و نظری حل نکرده‌اند؛ اگر‌چه خود، از پیشگامان در انقلاب بوده‌اند و حتي بعضی از آنها سال‌ها در درس امامرحمه الله هم شرکت کرده‌اند.