مستقر شدند و فتنه‌ها و تباهى‌ها بر پا نموده و با تعرض به مردم بى‌گناه و كشتن افراد، جوّ رعب و وحشت ايجاد كردند.
امام عليه السلام پس از نااميد شدن از هدايت آنان از راه‌هاى مسالمت‌آميز، ناگزير از جنگ شد و در يك نبرد كه در نهروان و در نهم صفر، سال ٣٨ هجرى ميان سپاه چهارده هزار نفرى امام عليه السلام و خوارج به رهبرى عبدالله بن وهب كه تعدادشان به چهار هزار نفر مى‌رسيد، رخ داد، خوارج شكست خورده و همه آنان جز نه نفر كشته شدند. از سپاه امام عليه السلام كمتر از ده نفر شهيد شدند.
شهادت امير مؤمنان عليه السلام‌ امام عليه السلام پس از نهروان كوشيد تا مردم را براى نبرد مجدد با شام بسيج كند، امّا جز تعداد اندكى دعوت وى را نپذيرفتند. از سوى ديگر معاويه كه از اوضاع آشفته عراق و سستى مردم در حمايت از امامشان آگاهى كامل داشت با تجاوز به نواحى مختلف قلمرو حكومتى امام عليه السلام، موقعيّت امام را تضعيف و راه را براى گشودن عراق هموار ساخت.
امام عليه السلام به رغم شرايط نامساعد سياسى و سستى ياران خود، همچنان در انديشه شام و نبرد با معاويه بود كه در صبحگاه نوزدهم رمضان، سال چهلم هجرى در حال اداى نماز صبح در مسجد كوفه با شمشير زهرآگين شقى‌ترين انسان‌ها، عبدالرحمان بن ملجم مرادى، يكى از خوارج، مجروح شد و دو روز بعد در ٢١ رمضان به شهادت رسيد.