به مقصد كوفه حركت داده شد و امام عليه السلام را با كجاوه‌اى كه عازم بصره بود روانه كردند. «١» عيسى بن جعفر والى بصره امام را در يك سلّول انفرادى بازداشت كرد و جز به هنگام وضو و غذا درب زندان را نمى‌گشود. «٢» تاريخ تحليلى پيشوايان ١٨٢ امامت ص : ١٨١ با انتشار خبر زندانى شدن امام عليه السلام موجى‌از خشم و نفرت برضد دستگاه خلافت ايجاد شد و مردم در همه جا از آن سخن مى‌گفتند، از سوى ديگر شيعيان بصره پنهانى با امام ارتباط برقرار كرده به ديدارش مى‌شتافتند. هارون شرايط را خطرناك ديد، از اين‌رو براى آن كه پرونده زندگى امام عليه السلام را براى هميشه ببندد دستور قتل آن حضرت را به عيسى داد.
والى بصره كه در طول مدت بازداشت امام جز عبادت و نيايش به درگاه حق چيزى از آن حضرت نديده بود به درخواست هارون پاسخ ردّ داد و از وى خواست امام را از وى تحويل بگيرد. «٣» امام كاظم عليه السلام پس از يك سال تحمل زندان در بصره به بغداد منتقل و به فضل بن ربيع سپرده شد. امام مدت زيادى نيز در زندان فضل ماند بدون آن كه به كسى اجازه ملاقات داده شود.
رفتار موسى بن جعفر عليه السلام در زندان فضل، همه كسانى را كه با آن حضرت در ارتباط بودند، تحت تأثير قرار داد و آنان را مجذوب خويش ساخت.
هارون فرمان قتل امام عليه السلام را به فضل داد ولى او نيز از انجام آن خوددارى كرد. خليفه مجبور شد امام را به فضل بن يحيى برمكى بسپارد. سوّمين زندانبان امام عليه السلام نيز پس از مدتى مجذوب و شيفته آن وجود الهى شد. «٤» انتقال پيشواى هفتم از زندانى به زندان ديگر و تأثير سازنده آن روى زندانبانان و خوددارى آنان از اجراى دستور هارون، خليفه را سخت خشمگين كرد و وى را بر آن داشت كه آن گرامى را به دست يكى از دژخيمان و سرسپردگان خود؛ سندى بن شاهك بسپارد و از او بخواهد هر چه زودتر امام را به شهادت برساند. «٥»