حضرت از نخستين لحظات ممكن تلاش گسترده‌اى را در اشاعه دعوت هدفدار و بنيادى تشيّع آغاز كرد و زمينه‌ها و مقدمات تأسيس دانشگاه بزرگ اسلامى را- كه در دوران امامت فرزندش امام صادق عليه السلام به اوج عظمت رسيد- فراهم ساخت.
ابعاد اين نهضت به حدّى گسترده بود كه علاوه بر مراكز شيعه نشين مانند مدينه و كوفه، مناطق جديدى را نيز كه از مركز حكومت بنى‌اميّه دور بود، تحت پوشش قرار داد كه از آن جمله مى‌توان از خراسان نام برد. رواياتى بيانگر اين نفوذ در ميان مردم خراسان است كه به يك نمونه آن اشاره مى‌كنيم. ابو حمزه ثمالى مى‌گويد:
در مسجد رسول خدا صلى الله عليه و آله نشسته بودم كه مردى پيش آمد، سلام كرد و خطاب به من گفت: تو كيستى اى بنده خدا!؟ گفتم: از مردم كوفه‌ام؛ كارت چيست؟
گفت: آيا ابو جعفر، محمد بن على را مى‌شناسى؟ گفتم: آرى مى‌شناسم؛ به ايشان چه كار دارى؟ مرد گفت: چهل مسأله آماده كرده‌ام تا از او بپرسم؛ در نتيجه آنچه را حق است بگيرم و باطلش را رها كنم.
گفتم: آيا مرز حق و باطل را مى‌دانى و ملاك تشخيص آن دو را در دست دارى؟
گفت: بلى. گفتم: در اين صورت چه نيازى به امام باقر عليه السلام دارى؟ گفت: شما كوفيان، افرادى كم‌ظرفيّت هستيد! زمانى كه ابو جعفر را ديدى مرا مطلّع كن. در اين ميان امام باقر عليه السلام وارد شد در حالى كه جمعى از مردم خراسان و افراد ديگر، اطراف او را گرفته درباره مسائل و مناسك حج از آن حضرت سؤال مى‌كردند. «١» شرايط فرهنگى‌ نهضت علمى امام باقر عليه السلام در شرايطى تحقق يافت كه جمود فكرى و بيگانگى از فرهنگ و معارف اسلامى سراسر جهان اسلام را فرا گرفته بود. عالمان و فقيهان مشهور يا به دربار وابسته بودند و يا به حوزه‌هاى فكرى منحرف و سرگرم كننده كه نه تنها نمى‌توانستند ملجأ و پناهگاه مردم تشنه و جوياى حقيقت باشند كه گاه خطرناكتر از