بقول: فاني مجيب إلى ما سال الشيخ الفاضل أطال الله بقاءه. وقد صرح في هامش بعض النسخ القديمة بان القاضي المذكور هو المراد بالشيخ ١٣ الخلاف في الأحكام: ويقال له مسائل الخلاف أيضا، وهو مرتب على ترتيب كتب الفقه وقد صرح فيه بأنه ألفه قبل كتابيه التهذيب والاستبصار وهو في مجلدين كبيرين، يوجدان تماما في مكتبة السيد ميرزا باقر القاضي في تبريز ١٤ رياضة العقول: شرح فيه كتابه الآخر الذي سماه مقدمة في المدخل إلى علم الكلام ١٥ شرح الشرح: في الأصول، قال تلميذه الحسن بن مهدي السليقي: إن من مصنفاته التي لم يذكرها في الفهرست كتاب شرح الشرح في الأصول، وهو كتاب مبسوط وأملى علينا منه شيئا صالحا، ومات رحمه الله ولم يتمه ولم يصنف مثله. ١٦ العدة في الأصول، ألفه في حياة أستاذه السيد المرتضى، وقسمه قسمين الأول في أصول الدين والثاني في أصول الفقه، وهو ابسط ما ألف في هذا الفن عند القدماء طبع ببمبئي في سنة ١٣١٢ وطبع في إيران ثانيا سنة ١٣١٤ مع حاشية المولى خليل القزويني المتوفى سنة ١٠٨٩ ١٧ الغيبة:
١٨ الفهرست: ذكر فيه أصحاب الكتب والأصول، وانهى إليهم واليها أسانيده عن مشايخه، وهو من الآثار الثمينة الخالدة، وقد اعتمد عليه علماء الإمامية على بكرة أبيهم في علم الرجال، وقد شرحه الشيخ سليمان الماحوزي المتوفى ١١٢١ وسماه معراج الكمال إلى معرفة الرجال ورتبه على طريقة الرجال كل من الشيخ علي المقشاعي الأصبغي البحراني المتوفى سنة ١١٢٧ والمولى عناية الله القهبائي النجفي المتوفى بعد سنة ١١٢٦ وغيرهما.
طبع الفهرست في ليدن قبل سنين متطاولة ولا أذكر الآن عام طبعه وطبع ثانيا في كلكته عام ١٢٧١ فجاء في ٣٧٣ صفحة وقد تولى نشره وتصحيحه أ. سبرنجر والمولى عبد الحق، وقد طبع في ذيل صفحاته نضد الايضاح يعني ايضاح الاشتباه للعلامة الحلي تأليف علم الهدى محمد بن الفيض الكاشاني المتوفى بعد سنة ١١١٢.
وفي سنة ١٣٥٦ طبعه في النجف الأشرف السيد محمد صادق آل بحر العلوم مع مقدمة إضافية عن الشيخ وتعاليق مفيدة، تدارك فيها ما فات في طبعتيه الأولى والثانية.
وللفهرست ذيول وتتمات من أنفس الكتب الرجالية، منها فهرست الشيخ منتجب الدين المتوفى بعد سنة ٥٨٥ ذكر فيه المصنفين بعد عصر الشيخ إلى عصره، وقد طبع مع الجزء الأخير من بحار الأنوار ومنها معالم العلماء للشيخ رشيد الدين محمد بن علي بن شهرآشوب السرري صاحب المناقب المتوفى سنة ٥٨٨ وقد زاد هذا الأخير على ما ذكره شيخ الطائفة من أسماء المصنفين ثلاثمائة مصنف.
ولقد لخص الفهرست الشيخ نجم الدين أبو القاسم جعفر بن الحسن بن يحيى بن سعيد الهذلي الشهير بالمحقق الحلي صاحب الشرايع والمتوفى سنة ٦٧٦ لخصه بتجريده عن ذكر الكتب والأسانيد إليها، والاقتصار على ذكر نفس المصنفين وسائر خصوصياتهم مرتبا على الحروف في الأسماء والألقاب والكنى، ١٩ ما لا يسع المكلف الاخلال به: في علم الكلام ٢٠ ما يعلل وما لا يعلل: في علم الكلام أيضا ٢١ المبسوط:
في الفقه من أجل كتب هذا الفن، يشتمل على جميع أبوابه طبع في إيران ١٢٧٠ ٢٢ مختصر اخبار المختار بن أبي عبيد الثقفي: ويعبر عنه ب‌ " اخبار المختار أيضا ٢٣ مختصر المصباح: في الأدعية والعبادات، اختصر فيه كتابه الكبير مصباح المتهجد ٢٤ مختصر في عمل اليوم والليلة: في العبادات، ٢٥ مسالة في الأحوال ٢٦ مسالة في العمل بخبر الواحد وبيان حجيته ٢٧ مسالة في تحريم الفقاع ٢٨ مسالة في وجوب الجزية على اليهود والمنتمين إلى الجبابرة ٢٩ مسائل ابن البراج ٣٠ الفرق بين النبي والامام: في علم الكلام ٣١ المسائل الالياسية ٣٢ المسائل الجنبلائية: في الفقه ٣٣ المسائل الحائرية في الفقه، ٣٤ المسائل الحلبية: في الفقه أيضا ٢٥ المسائل الدمشقية في تفسير القرآن، ٣٦ المسائل الرازية: في الوعيد، ٣٧ المسائل الرجبية: في تفسير آي من القرآن ٣٨ المسائل القمية ٣٩ مصباح المتهجد: في اعمال السنة كبير، وهو من أجل الكتب في الأعمال والأدعية، ٤٠ المفصح: في الإمامة، وهو من الآثار الهامة توجد نسخة منه في مكتبة راجة فيض آباد في الهند، وحصلت نسخة منه للميرزا حسين النوري، وجدها مع النهاية وهي بخط أبي المحاسن بن إبراهيم بن الحسين ابن بابويه كان تاريخ كتابته للنهاية الثلاثاء ١٥ ربيع الآخر سنة ٥١٧ ٤١ مقتل الحسين ع ٤٢ مقدمة في المدخل إلى علم الكلام ٤٣ مناسك الحج في مجرد العمل ٤٤ النقض على ابن شاذان في مسالة الغار ٤٥ النهاية في مجرد الفقه والفتوى: من أعظم آثاره واجل كتب الفقه ومتون الأخبار ٤٦ هداية المسترشد وبصيرة المتعبد: في الأدعية والعبادات ذكره الشيخ في الفهرست.
وفاته وقبره لم يبرح شيخ الطائفة في النجف الأشرف مشغولا بالتدريس والتأليف، والهداية و الارشاد، مدة اثنتي عشرة سنة، حتى توفي ليلة الاثنين الثاني والعشرين من المحرم سنة ٤٦٠، عن خمس وسبعين سنة، وتولى غسله ودفنه تلميذه الشيخ الحسن بن مهدي السليقي، والشيخ أبو محمد الحسن بن عبد الواحد العين زربي، والشيخ أبو الحسن اللؤلؤي، ودفن في داره بوصية منه وأرخ وفاته بعض المتأخرين بقوله مخاطبا مرقده الزاكي كما هو مسطور على جدار المسجد، وقد ذكره الشيخ جعفر نقدي في كتابه ضبط التاريخ بالأحرف أيضا ص ١٣:
يا مرقد الطوسي فيك قد انطوى * محيي العلوم فكنت أطيب مرقد إلى أن قال:
أودى بشهر محرم فاضافه * حزنا بفاجع رزئه المتجدد إلى أن قال:
بك شيخ طائفة الدعاة إلى الهدى * ومجمع الاحكام بعد تبدد إلى أن قال:
وبكى له الشرع الشريف مؤرخا * أبكى الهدى والدين فقد محمد وتحولت الدار بعده مسجدا في موضعه اليوم حسب وصيته أيضا، وهو مزار يتبرك به الناس من العوام والخواص، ومن أشهر مساجد النجف، عقدت فيه منذ تأسيسه حتى اليوم عشرات حلقات التدريس من قبل كبار المجتهدين وأعاظم المدرسين فقد كان العلماء يستمدون من بركات قبر الشيخ لكشف غوامض المسائل ومشكلات العلوم، ولذلك كان مدرس العلماء ومعهد تخريج المجتهدين إلى عصر شيخ الفقهاء الشيخ محمد حسن