خلاصه‌ براساس اصل دوّم متمّم قانون اساسى و با تعيين آيات عظام آخوند خراسانى و مازندرانى، مرحوم مدرّس به عنوان يكى از پنج نفر مجتهد حاضر در مجلس جهت تعيين وضعيت مصوّبات مجلس با شرع مبين انتخاب شد. وى در همين مجلس با قرارداد ١٩٠٧ مبنى بر تقسيم ايران بين انگليس و روسيه و پذيرش اولتيماتوم روسيه به حضور مورگان شوستر بشدّت مخالفت كرد.
در دوران مجلس سوّم به علّت جنگ جهانى اوّل و فشار متّفقين بر ايران مبنى بر كنار گذاشتن سياست بيطرفى در جنگ و عدم قبول آن از طرف دولت و مجلس، ايران از شمال و جنوب مورد تاخت و تاز دو قدرت روس و انگليس قرار گرفت كه عده‌اى از رجال و نمايندگان مجلس به عنوان مخالفت و همچنين در امان بودن، دست به مهاجرت زده، دولت در تبعيد را تشكيل دادند كه مدرّس نقش اساسى را در تشكيل آن داشت. وى از مخالفين جدّى قرارداد ١٩١٩ م هم بود.
هر چند كه مدرس با رضا خان براى ايجاد امنيّت در حد وزير جنگ و طبق قانون اساسى موافق بود ولى از همان ابتدا با افسار گسيختگى و اعمال ديكتاتورى رضا خان بطور جدّى به مخالفت برخاست تا جايى كه مورد كينه‌توزى رضا خان قرار گرفت و در نهايت به دست وى به شهادت رسيد.
وى تا دوره ششم در مجلس حضور داشت ولى به علّت انتخابات كاملًا فرمايشى مجلس هفتم حتّى يك رأى مرحوم مدرس كه به خودش داده بود نيز قرائت نشد!