سرانجام مجلس بدون داشتن رئيس، مادّه واحده را تصويب نموده، انقراض قاجاريه را اعلان و حكومت موقّت را به رضا خان پهلوى واگذار مى‌كند. در مدت كوتاهى كه مجلس مؤسسان در حال انتخاب نمايندگان و تأسيس بود، مدرس به اشكال گوناگون مبارزه را ادامه داد. وى در اين زمان همه جا، در منزل، در جلسه درس و مجلس، تحت نظر مأموران رضا خان بود. آن روزها مدرس در جواب اين سؤال كه: آيا از اين پس در مبارزه خود اميد موفقيت داريد؟ پاسخ گفته بود:
من در اين كشمكش چشم از حيات پوشيده، از مرگ باك ندارم. آرزو دارم اگر خونم بريزد، فايده‌اى در حصول آزادى داشته باشد من تنها، از دستگاه سردار سپه نمى‌ترسم، امّا او با تمام قدرت و جلال و سلطنتش از من مى‌ترسد. «١» مدرس در مجلس ششم‌ انتخابات مجلس ششم در دوران پادشاهى رضا خان صورت گرفت. على‌رغم تلاش رضا خان، مدرّس دوباره به مجلس راه يافت. در اين دوره مدرّس كمتر به مجلس مى‌رفت و در جلسه درس خود در مدرسه سپهسالار مسائل سياسى روز را مطرح مى‌نمود و عليه رضا خان و اعمال وى صحبت مى‌كرد. وى در مخالفت با يكى از اعتبارنامه‌ها در مجلس مى‌گويد:
در اين انتخابات، هم حكومت نظامى بوده و هم انتخاب كننده نظامى بوده است. «٢» در اين دوران فشارها و محدوديت‌ها چه در داخل و چه در خارج توسّط عمّال رضاخان برايشان افزايش مى‌يابد. در يكى از روزهايى كه براى تدريس عازم مدرسه سپهسالار بود هدف تير قرار گرفت اما به وى آسيب جدى وارد نشد. رضا خان تلگرافى براى مدرس فرستاد. وى در جواب تلگراف رضا خان نوشت: