نخست‌وزيرى اقبال اشاره كرد. اين مشاوره و موضع آيت‌الله بروجردى در قبال آن باعث شد كه در آن زمان اصلاحات ارضى به اجرا گذاشته نشود. «١» كتاب «كشف‌الاسرار» كه در آن به تبيين حكومت اسلامى پرداخته شده است، در همين دوره به رشته تحرير درآمد. هرچند در اين دوره ايشان فعاليت سياسى علنى نداشت ولى خواصّ از بينش عميق ايشان در اين زمينه اطلاع داشتند. به همين سبب آيت‌الله كاشانى درباره ايشان اينچنين اظهار نظر كرده است كه:
تنها كسى كه بعد از من اميد است به درد ملّت ايران بخورد آقاى خمينى است. «٢» ٣- دوره سوّم (١٣٤١- ١٣٦٨): پس از فوت آيت‌الله بروجردى، رژيم زمينه را براى انجام برنامه‌هاى مورد نظر آمريكا مساعد ديد. به همين سبب بسرعت اقدام به پياده كردن برنامه‌هاى مورد نظر كرد. اوّلين اقدام مهمّ پس از رحلت آيت‌الله بروجردى، تغييرات در انجمنهاى ايالتى و ولايتى بود. حضرت امام «ره» پس از رحلت اين مرجع بزرگوار روش مبارزات علنى را برگزيد. «٣» آنچه كه بايد بدان توجّه كرد اينكه در آن زمان دخالت علما و روحانيون در سياست امرى ناپسند تلقّى مى‌شد. به همين سبب حضرت امام (ره) هيچ‌گاه به عنوان يك فرد سياسى وارد اين مرحله نشد. علّت موفقيّت ايشان در ورود به سياست از طريق ديانت بود. ايشان اقدامات رژيم را ضد اصول و احكام اسلامى معرّفى كرده، مردم و روحانيون را دعوت به مبارزه عليه اقدامات ضد اسلامىِ رژيم كرد. «٤» بدين صورت حضرت امام «ره» توانست با ورود به صحنه سياست، مبارزه همگانى مردم و روحانيون را عليه اقدامات رژيم سرو سامان دهد.