متوجه قضايا كرد و پس از اتمام غائله انجمهاى ايالتى و ولايتى، در اعلاميه تشكرآميزى فرمود:
قيام عمومى- دينى شما موجب عبرت براى اجانب گرديد. ليكن لازم است متذكر شوم كه مسلمين بايد بيش از پيش بيدار و هوشيار بوده، مراقب اوضاع خود و مصالح اسلام باشند و صفوف خود را فشرده‌تر كنند. «١» شاه براى اجراى برنامه‌هاى آمريكايى خود طرحهاى ديگر مثل انقلاب سفيد و به رفراندوم گذاشتن آن به اجرا مى‌گذارد كه با اعتراض شديد روحانيت و امام خمينى (ره) روبرو مى‌شود و امام عيد نوروز آن سال را طى اعلاميه‌اى عزا اعلام مى‌كند.
رژيم شاه براى تضعيف روحانيت در دوم فروردين ١٣٤٢ كه مصادف با ٢٥ شوال، روز وفات امام صادق (ع) بود، مجلس عزادارى را به هم مى‌ريزد و سپس طلاب مدرسه فيضيه را به خاك و خون مى‌كشد. اين بار نيز با اعتراض شديد امام روبرو مى‌شود و امام (ره) در محرم همان سال طى بيانيه‌اى از وعاظ و گويندگان مى‌خواهد كه از تهديد رژيم نهراسند و وظيفه دينى خود را انجام دهند و مردم را از خطر اسرائيل و عمال آن آگاه سازند. خود نيز طى نطقى در روز عاشورا در مدرسه فيضيه، به عملكرد رژيم شديداً حمله مى‌كند و مردم را از خطر آمريكا و اسرائيل و در خطر بودن اسلام آگاه مى‌نمايد كه در پى آن امام بازداشت مى‌شود. مردم مسلمان با شنيدن بازداشت امام، قيام مى‌كنند كه حادثه پانزده خرداد ١٣٤٢ رخ مى‌دهد و ده‌ها نفر از مردم قم و ورامين در اين قيام به شهادت مى‌رسند. اين قيام نقطه عطفى در تاريخ مبارزات و تحولات ايران به شمار مى‌رود.
امام خمينى در فروردين ١٣٤٣ از زندان آزاد مى‌شود و دوباره عليه رژيم به دليل گرفتن وام از آمريكا و لايحه كاپيتولاسيون سخنرانى مى‌كند و شاه، اسرائيل و آمريكا را به شدت مورد هجوم قرار داده، مردم را عليه آنها به قيام دعوت مى‌نمايد.
سخنان كوبنده امام بهانه‌اى براى رژيم جهت تبعيد وى شد. شب سيزدهم آبان ١٣٤٣ صدها نيروى رژيم منزل امام را محاصره و وى را بازداشت و ابتدا به تركيه و پس از چندى به عراق‌