على قتلى الطّفوف (آهى سوزان بر مزار شهيدان) آن بزرگوار نام ٦٠ جلد از تأليفات سيد را ذكر كرده كه متأسفانه از تأليفات فراوان او جز اندكى بدست طالبان علم نرسيده است.

در مقدمه كتاب كشف المحجه لثمرة المهجه كه نام ديگرش اسعاد ثمره الفؤاد على سعادة الدنيا و المعاد است و كتابفروشى مرتضوى منتشر كرده آقاى سيد محمد باقر شهيدى شرح حالى نوشته كه آنچه در اينجا نقل مى‌شود مختصرى از آن مقدمه مى‌باشد و در آنجا آمده است از شدت ورع و احتياط سيد، قدس سره اين است كه با آن همه تأليف و تصنيف، از نوشتن كتب فقهيه و فتوى دادن خوددارى نموده است. چنانچه خود فرموده است:

بدان كه من به تأليف كتاب «غياث سلطان الورى لسكان الثرى» در قضاء نماز اموات از كتب فقهيه اكتفا كردم و كتاب ديگرى تصنيف نكردم زيرا كه مصلحت دنيا و آخرت خود را در اجتناب از فتوى در احكام شرعيه ديدم، براى اختلافاتى كه در ميان فقها اصحاب در تكاليف نقليه و روايات وارده ديدم و كلام خداوند جل جلاله را در باره عزيزترين خلق خود محمد ٦ ديدم كه مى‌فرمايد:

وَ لَوْ تَقَوَّلَ عَلَيْنا بَعْضَ الْأَقاوِيلِ لَأَخَذْنا مِنْهُ بِالْيَمِينِ‌ تا آخر آيه. پس اگر كتابى در فقه تصنيف نمايم كه بعد از من به آن عمل شود منافى با تورع من از فتوى است و داخل در خطر آيه شريفه فوق خواهم بود زيرا كه اگر تهديد خداوند جل جلاله نسبت به رسول عزيز خود چنين باشد پس حال من در پيشگاه حضرتش اگر فتوائى‌