سید مخصوصاً روی توحید اسلامی و اینکه اسلام توحید را جز بر مبنای یقین برهانی پذیرفته نمیداند و اینکه توحید برهانی و استدلالی ریشهسوز همه عقاید باطله است، تکیه فراوان داشت و معتقد بود جامعهای که معتقد باشد اساسیترین

معتقداتش را باید با نیروی برهان و یقین، نه ظنّ و تخمین و نه تعبّد و تقلید، به دست آورد کافی است که زیر بار خرافه و اوهام نرود. پس باید مردم را به توحید برهانی دعوت کرد تا احترام و اعتبار عقل از نظر دینی برای آنها مسلّم و مسجّل گردد.

به همین جهت سید برای فلسفه الهی اسلامی ارزش قائل بود. فلسفه تدریس میکرد و پیروان خویش را به آموختن حکمت الهی اسلامی تشویق میکرد. شاگرد وفادارش محمد عبده را به مطالعه فلسفه وادار نمود. گویند عبده دو دستنویس از اشارات بوعلی به خط خود نوشته و یکی را به ستایش از سید پایان داده است.

ظاهراً در اثر همین تشویق سید بود که عبده به چاپ و نشر برخی کتب فلسفی پرداخت، نجات بوعلی و همچنین البصائر النصیریه ابن سهلان ساوجی و علیالظاهر قسمتی از منطق المشرقیین بوعلی را برای اولین بار چاپ و نشر کرد. احمد امین در کتاب ظُهر الاسلام [١] میگوید: فلسفه با فکر شیعی سازگارتر است تا فکر سنی. بعد اینچنین دلیل میآورد:

در زمان فاطمیان که شیعه بودند و بر مصر حکومت میکردند، فلسفه در مصر رواج داشت. با رفتن فاطمیان و حلول روح

[١]. جلد اول ، ص ١٩٠