وكان النزاع بين أصحاب المنهجين قائماً على قدم وساق إلى أن حسمه الشيخ المفيد عندما انتهت إليه رئاسة الإمامية في الكلام والفقه، فقد جمع أصحاب المنهجين على مائدة واحدة بتأليف كتابين:

١. أوائل المقالات في المذاهب والمختارات.

٢. تصحيح الاعتقاد.

وقد علّق على عقائد الإمامية للصدوق وأثبت أنّ بعض ما ذكره الصدوق ليس من عقائد الإمامية وإنّما هو نتيجة استخراجه من أخبار الآحاد.

وبما أنّ الشيخ ربّى جيلاً عظيماً كالشريفين: المرتضى والرضيّ والشيخ الطوسي والكراجكي والديلميّ وغيرهم، فقد أخذ تلامذة الشيخ زمام البحوث بعد رحيله، وجمعوا الإمامية على أُصول موحّدة ، ولم ينجم بينهم خلاف مُعتبر إلى أن ظهرت الحركة الأخبارية.

كان مطلع القرن الحادي عشر مسرحاً للتيارات الفكرية المختلفة، فمن مكبّ على العلـوم الطبيعيـة كالنجـوم والرياضيـات، والطـب والتشريـع، إلى آخر متوغّل في الحكمة والعرفان، إلى ثالث مقبل على علم الشريعة كالفقـه والأُصول.

في تلك الأجواء ظهرت المدرسة الأخبارية التي شطبت على العلوم العقلية بقلم عريض، ولم تر للعقل أيّ وزن وقيمة لا في العلوم العقلية، ولا في العلوم النقلية، وقد رفع راية تلك الفكرة الشيخ محمد أمين بن محمد شريف الاسترابادي(المتوفّى ١٠٣٦هـ).