برخى انتقادها به صحيح بخارى ١ - گروهى از رجال و اسناد اين كتاب كسانى هستند كه از نظر علم رجال مردود مىباشند . نويسنده معروف ابن حجر عسقلانى در هدى السارى ( ج ٢ ) مىگويد : « بخارى ٤٤٦ حديث از ابو هريره در كتاب خود نقل كرده است ، در حالى كه ابو هريره در زمان خودش متهم به دروغ گويى بوده است . » بخارى ، ( ج ٧ ، باب ١ ، كتاب نفقات ) حديثى را از ابو هريره نقل مىكند كه در انتهاى آن حديث چنين آمده است : « فقالوا . . يا ابا هريره سمعت هذا من رسول الله قال : لا هذا من كيس ابو هريره » يعنى : ابو هريره حديثى را از رسول خدا ( ص ) نقل كرد كه براى شنوندگان تعجبآور بود ، بدين جهت از او پرسيدند كه آيا اين جمله را محمد صلى رسول خدا ( ص ) شنيده اى . در پاسخ گفت نه اين از كيسه ابو هريره است .
و نيز عسقلانى در هدى السارى ( ج ٢ ) مىگويد : « حدود ٥٧ حديث را در كتابش از ابو موسى اشعرى نقل كرده است كه او از مخالفان سر سخت امام على ( ع ) و از سلسله جنبانان وقايع كمر شكن در عالم اسلام بوده است و حضرت در نمازش او را نفرين نموده است . هم چنين از راويان حديث اين كتاب عمرو بن عاص بن وائل ، عبد الله بن زبير و عمر بن حطان مىباشند . كه آنان نيز از مخالفان و دشمنان اهل بيت بوده‌اند و افراد ديگرى كه ذكر آنها باعث طولانى شدن مطلب است .
٢ - تقطيع در پاره اى از احاديث ، مطابق ذوق و سليقهء شخصى خود .
گاه ديده مىشود كه او بخشى از حديث را با سندى در قسمتى از كتاب مىآورد و در قسمت ديگر همان حديث را با سندى ديگر در بخش ديگرى از كتاب ياد مىكند . كه اين امر كار شناخت صحيح سند احاديث را مشكل مىسازد .
گاهى يك حديث را با الفاظ و سندهاى مختلف مىآورد . و زمانى صدر و يا ذيل يا وسط يا سند حديث را حذف مىكند . كه علت اين كار به حسب ظاهر تعصب او نسبت به باورهاى خود بوده است ، چرا كه هر گاه در حديثى مطلبى وجود داشته است كه به گونه اى بيانگر فضايل على بن ابى طالب ( ع ) بوده و يا قدحى را براى يكى از خلفا در برداشته است با حذف صدر يا ذيل يا وسط آن سعى در پوشاندن مطلب مىكرده ، كه اين عمل از نظر علم حديث تدليس و خيانت در امانت شناخته مىشود .