هفت - تقويت محتواى علمى كتابها ، بر اساس سطوح مختلف و رشته‌هاى تخصصى .
به عنوان مثال ، مرحوم آخوند در كفايه ، ضمن بحث حجيت خبر واحد در تقريب اجماع مىگويد : « بعد از بررسى فتاوى تا زمان شيخ طوسى به دست مىآيد كه همه آنان قائل به حجيت خبر واحد بوده‌اند » در اينجا بايد دانست كه چرا مرحوم آخوند فتاواى علما را تا زمان شيخ مطرح مىكند و آراء علماى ادوار قبل را مورد اشاره قرار نداده است .
هشت - تلخيص مباحثى كه بحث تفصيلى آن ، ضرورى نيست البته به گونه اى كه به محتواى آنها لطمه و آسيب نرساند .
نه - گشودن فصلى در آغاز هر موضوع ، به عنوان تبيين نقش عملى آن موضوع در آن علم .
ده - بيان معناى لغوى واژه‌هاى تخصصى و علمى .
يازده - بيان معناى اصطلاحى واژه‌ها .
دوازده - توضيح اجمالى آراء و نظريات علما كه در متن آورده شده و نيازمند تشريح است .
سيزده - ذكر مصادر و منابع در پاورقيها .
چهارده - تنظيم فهرست موضوع ابحاث و اعلام و آيات و احاديث و جزء اينها .
هر گاه كتابهاى درسى حوزه با رعايت اين اصول تدوين و تنظيم و گزينش شود ، بىترديد بسيارى از آنان كه امروز خويش را ناتوان از دريافت نور فقه مىپندارند ، به اين نور مبارك دست خواهند يافت . و چنانچه در كنار اين امر ساير ابعاد مسائل حوزه ، به شكل صحيح و علمى برنامه ريزى شود ، در آينده اى نه چندان دور ، بسيارى از نارساييها و نابسامانيها در امر تبليغ و تدريس و امور فرهنگى و اخلاقى و علمى نظام حوزه و هم چنين جامعه اسلامى ، زدوده خواهد شد و بايد مسئولان حوزه‌هاى علميه بدانند اگر برنامه‌هاى آموزشى دقيق و حساب شده در همه ابعاد علمى ، فقهى ، اصولى ، فلسفى ، عقائدى ، علوم انسانى ، نحوى و صرفى ، به گونه اى مستقل مطابق روش ياد شده تنظيم نشود نمىتوانند رسالت مهم و سنگين خويش را به پايان برسانند و از اين رو بوده است كه امام امت بر اصلاح نظام آموزشى حوزه‌ها تأكيد داشته است . و عملى شدن اين كار يكى از آرزوهاى او بوده است .
ايشان در وصيت نامه سياسى الهى ٢٠ / ٣ / ٦٨ خود فرمودند : « وصيت اين جانب آن