وصنّف كتاب المنتخب، وكتاب تكملة «الدروس الشرعية في فقه الاِمامية» للشهيد الاَوّل محمد بن مكّي العاملي (المتوفّـى ٧٨٦ هـ)، قال عنه الشيخ النوري: وهو يدلّ على علوّ فهمه وتبحّره واستقامته، وللسيد جعفر قول في مسألة موت الزوجة قبل الدخول، ذكره العلماء.

لم نظفر بوفاته، لكنه ألّف كتاب تكملة الدروس المذكور سنة ست وثلاثين وثمانمائة، وكتب في آخره وصايا لابنه الفقيه جلال الدين محمد[٢](المدفون بالحلّة)، منها: عليك يا بنيّ بإجلال العلماء العاملين، الذين لم يتّخذوا العلم بضاعة للدنيا، الذين شرَوْا أنفسهم للّه، الذين مدحهم اللّه في محكم كتابه (والَّذينَ جَاهَدُوْا فِيْنَا لَنَهْدِيَنَّهُمْ سُبُلَنا وَإِنّ اللّهَ لَمَعَ المُحْسِنينَ) [٣]