و گذر امام (ع) از اين دو شهر بويژه كوفه كه از نظر دستگاه خلافت بسيار حساس و مركز انقلابهاى علويان عليه امويان و عباسيان بود، موجب مى‌شد كه مردم از آن حضرت چنان كه شايسته مقام امامت است استقبال كنند و چه بسا هنگامى كه پيشوايشان را در ميان خويش ببينند مشكل تازه‌اى براى دستگاه به وجود آورند. در صورتى كه راهى را كه مأمون تعيين كرده بود اين خطر را نداشت؛ زيرا مردم بصره گرايش عثمانى داشتند و اين شهر تا حدودى سنگر عباسيان به شمار مى‌رفت. از اين رو، وقتى «زيدالنّار» در آن جا قيام كرد خانه‌هاى آنان را آتش زد.
رجاء بن ابى ضحّاك در رأس هيأتى در سال دويست هجرى براى آوردن امام (ع) رهسپار مدينه شد. «١» امام رضا (ع) كه تاكنون به تمامى دعوتنامه‌هاى مأمون پاسخ رد داده بود «٢»، با آمدن پيك مخصوص خليفه و اصرار وى بر حركت امام (ع) به سوى مرو، چاره‌اى جز پذيرش دعوت او نيافت.
امام (ع) پيش از ترك مدينه كنار قبر مطهّر جدّ بزرگوارش رسول خدا (ص) رفت و با آن حضرت وداع كرد. حضرتش روى شدّت علاقه‌اى كه به پيامبر (ص) داشت چندين بار با مرقد شريف وداع نمود، امّا هر بار به كنار قبر بازمى‌گشت، آن را مى‌بوسيد و با صداى بلند گريه مى‌كرد و از مفارقت آن روضه مطهره بى‌تابى مى‌نمود. «٣» امام (ع) در اقدامى ديگر دست فرزندش حضرت جواد (ع) را گرفت و او را به مسجد پيامبر (ص) برد و در حالى كه دست فرزندش را روى قبر مطهر رسول خدا (ص) گذارده بود او را به جدّ بزرگوارش سپرد، سپس همه وكلا و نمايندگان و نيز اطرافيان خود را گرد آورد و ضمن معرفى حضرت جواد به عنوان قيّم و جانشين خود به آنان، همگان را به اطاعت و فرمانبرى از او دستور داد و از مخالفت فرمانش برحذر داشت. «٤»