علت یقینی نبودن علومی که صرفاً مستند به تجربه هستند این است که فرضیاتی که در علوم ساخته می‌شود دلیل و گواهی غیر از انطباق با عمل و نتیجه عملی دادن ندارد و نتیجه عملی دادن دلیل بر صحت یک فرضیه و مطابقت آن با واقع نمی‌شود زیرا ممکن است یک فرضیه صد در صد غلط باشد ولی در عین حال بتوان از آن عملًا نتیجه گرفت چنانکه هیئت بطلمیوس که زمین را مرکز عالم و افلاک و خورشید و همه ستارگان را متحرک به دور زمین می‌دانست غلط بود ولی در عین حال از همین فرضیه غلط درباره خسوف و کسوف و غیره نتیجه عملی می‌گرفتند. طب قدیم که بر اساس طبایع چهار گانه (حرارت، برودت، رطوبت، یبوست) قضاوت می‌کرد غلط بود ولی در عین حال عملًا صدها هزار مریض را معالجه کرده است.

ممکن است این پرسش برای بعضی پیش آید که چگونه ممکن است یک غلط و موهوم نتیجه صحیح و موجود بدهد؟

پاسخ این سؤال این است که گاهی دو چیز یا بیشتر یک خاصیت دارند و به یک نحو نتیجه می‌دهند. حالا اگر در موردی یکی از آن دو چیز وجود داشت و ما آن دیگری را که موجود نیست فرض کردیم و روی او حساب کردیم قهراً چون حساب هر دو به یک نتیجه می‌رسد عملًا از حساب خود نتیجه می‌گیریم. مثلًا چه خورشید به دور زمین بچرخد و چه زمین به دور خورشید، لازمه‌اش این است که در فلان روز معین ماه بین ایندو حائل شود و کسوف محقق گردد. ما چه آنکه روی حرکت خورشید حساب کنیم و چه روی حرکت زمین بالاخره نتیجه حساب ما این است که در فلان روز معین و در ساعت و دقیقه معین کسوف محقق شود.

برای غیر یقینی بودن علوم تجربی دلیل دیگری هم می‌توان آورد و آن اینکه علوم تجربی بالاخره منتهی به محسوسات می‌باشند و حس هم خطا می‌کند.

فلیسین شاله در متدولوژی در باب قطعیت علوم فیزیکی و شیمیایی می‌گوید: