وقد برزت هذه الفرقة كرد فعل للحالة السلبية التي اتخذتها فرقة الإخوان تجاه حكم عبد الناصر وصور التعذيب التي كانوا يتعرضون لها داخل المعتقلات وكان المنبع الذي أعطى لهذه الفرقة الدفعة الأولى هو فكر سيد قطب مؤسس فرقة القطبيين.

وكان الطالب الجامعي شكري مصطفى الذي اعتقل في فترة الستينيات رفع لواء التكفير، وتمرد على الفرقتين، وقام بوضع حجر الأساس لفرقته التي بدأت في الانتشار على ساحة الواقع المصري في بداية السبعينيات عندما أخليت المعتقلات من العناصر الإسلامية وأصبحت تشكل خطراً كبيراً على الفرق الأخرى.

ولم يقتصر فكر الفرقة على حدود مصر وحدها بل امتد إلى بقاع أخرى كثيرة من بلدان المسلمين.

وتعدّ أفكار فرقة التكفير امتداداً لأفكار ومعتقدات فرقة الخوارج، خاصة فرقة الأزارقة، منهم التي تعدّ أشدّ فرقهم تطرفاً.