ولما استولى الجراكسة على صنعاء سنة (٩٢١ هـ)، وقتلوا السلطان المذكور، وقصدوا صاحب الترجمة، وقع الصلح على أن يبقون في صنعاء ويبقى هو في (ثلا)، ثم رجعوا إلى بلادهم بعد أن بلغتهم أنباء مقتل سلطانهم قانصوه الغوري، فدانت صنعاء وصعدة وما بينهما من المدن للمتوكل.

ثم نَشبت بينه وبين الاَتراك وقائع، خسر فيها الكثير من جهات اليمن بسب خلاف شجرَ بينه وبين ابنه المطهر بن المتوكل، ثم اتفقا على أن يحتفظ الاَب بالاِمامة، ويتولى الابن سياسة البلاد، فاستقرّ المترجم في كوكبان ثم انتقل إلى ظفير حجة، وفقد بصره، وتوفّـي بها سنة خمس وستين وتسعمائة.

وقد أخذ عنه: القاضي علي بن عبد اللّه بن علي، والسيد عبد اللّه بن القاسم ابن الهادي العلوي، والقاضي الحسين بن محمد بن علي المسوري، وصلاح بن يحيى ابن محمد الشطبي.

وكتب إجازة للسيد أحمد بن عبد اللّه، والقاضي محمد بن علي الضمدي التهامي.

وصنّف جملة من الكتب، منها: الاَثمار في فقه الاَئمة الاَطهار اختصر به «الاَزهار» لجدّه المهدي، حقيقة السُّكْر، الاِحكام في أُصول المذهب، المانعة في استعمال المحرمات ويبحث في علة تحريم الحشيش والقات وغيرهما، قصيدة القصص الحق في مدح وذكر معجزات سيد الخلق في مائة وخمسين بيتاً، رسالة الاِدّخار، والاِمامة والحسبة، وله أجوبة مسائل.