طبقات أعلام الشيعة - ط دار إحياء - الطهراني، آقا بزرك - الصفحة ٢٩٨ - ٤٤٤ الميرزا محسن الخراساني، نزيل يزد

السيد محمد الهندي، كما ذكره السيد محمد الهندي في ترجمة السيد علي بن هاشم من كتابه «نظم اللآلي» ، قال أستاذي الثقة الضابط التقي الورع العلّامة الشيخ محسن بن خنفر، وذكر كيفية درسه وأخلاقه وتاريخ وفاته كما مرّ، وقال: إنّه وحيد زمانه في فنّ الرجال إن لم يكن كذلك في غيره أيضاً من سائر العلوم المشهورة، إلى قوله: وحكيت له كرامات عجيبة، وشاهدت منه بعضها.

وممن رثاه السيد محمد بن مال اللََّه الخطي القطيفي الحائري (المتوفّى سنة ١٢٧١هـ) :

أبا جعفرٍ أوحشتَ أنس المدارس # وعطّلتَ منها كلّ حال ودارس‌

وتمامه في ديوان المراثي للسيد محمد المذكور.

ومرّ ولده الشيخ جعفر الذي كنّي والده باسمه في هذا البيت.

ورأيت «الصراط المستقيم» للبياضي بقلم الشيخ حسن خنفر بن الشيخ جعفر، فرغ منه حدود سنة (١١٨٠هـ) .

وترجمه في «الروضة البهية» ، وسيدنا في التكملة، وتنسب إليه كرامات، منها ما حدثني به تلميذه الشيخ محمد طه في قضية الخبز الذي أحضر في مجلس‌[الوليمة]، فامتنع الشيخ من أكله، وقال إن خابزته حائض، وتبيّن صدق إخباره بعد السؤال عن الخابزة، قال شيخنا الشيخ محمدطه إني كنت حاضراً في ذلك المجلس، وشاهدت القضية.