شخصیت و دیدگاههای فقهی امام خمینی - یوسفیان، نعمتالله - الصفحة ٥٠ - ح - به یادگار گذاشتن آثار علمی فراوان
است كه حضرت امام قدس سره آراى عرفانى و نقد علمى خويش را بر دو كتاب ياد شده به صورت حاشيه نگاشته است. اين حاشيه و تعليقه در سال ١٣٥٥ هجرى قمرى (١٣١٥ شمسى) تأليف شده است.
٧- «اربعين حديث» يا «شرح چهل حديث»: از جمله آثار گرانبهاى اخلاقى و عرفانى امام راحل قدس سره است كه در سال ١٣٥٨ ه. ق/ ١٣١٨ ش به زبان فارسى نوشته شدهاست.
٨- سرّالصّلوة (صلاةالعارفين و معراجالسالكين): كتابى عرفانى بهزبان فارسى در بيان اسرار معنوى و عرفانى نماز است كه در سال ١٣٥٨ ه. ق/ ١٣١٨ ش تأليف گرديده است.
٩- «آداب نماز» يا «آداب الصّلوة»: شرحى مبسوط بر آداب و اسرار معنوى نماز و سرشار از نكات اخلاقى و عرفانى است. تأليف آن در سال ١٣٦١ هجرى قمرى (١٣٢١ شمسى) و پس از نگارش كتاب «سرّالصلوة» بوده است.
١٠- رساله لقاء اللَّه: رسالهاى عرفانى و به زبان فارسى است كه به عنوان ضميمه در انتهاى «رساله لقاءاللَّه» تأليف آيةالله حاج ميرزا جواد ملكى تبريزى قدس سره توسط مؤسسه انتشارات فيض كاشانى تهران به چاپ رسيده است.
١١- حاشيه بر اسفار: اثرى فلسفى است كه متأسفانه نسخه آن هنوز بهدست نيامده است.
١٢- كشفالاسرار: اثرى سياسى، عقيدتى و اجتماعى است و در سال ١٣٦٤ هجرى قمرى (١٣٢٣ شمسى) نوشته شده است. امام قدس سره در اين كتاب به شبهات و تبليغات ضد دينى و ضد روحانى جزوه «اسرار هزار ساله» يك وهابىگرا پاسخ گفته، به استناد حقايق تاريخى و ضمن طرح و نقد آراى فلاسفه، بر حقانيت تشيّع و نقش سازنده روحانيت اسلام تأكيد ورزيده است. در همان كتاب سياستهاى ضد ملّى و لائيك رضا خان و همفكران او در ممالك اسلامى در آن زمان به تفصيل افشا گرديده است.
١٣- انوار الهداية فى التعليقة علىالكفاية، دو جلد: كتابى در مباحث عقلى علم اصول فقه به صورت حاشيه بر «كفاية الاصول» مرحوم آخوند خراسانى قدس سره و در سال ١٣٦٨ هجرى قمرى (١٣٢٨ شمسى) تأليف شده است.
١٤- بدايع الدرر فى قاعدة نفى الضرر: رسالهاى تحقيقى، اجتهادى درباره «قاعده لاضرر» كه در سال ١٣٦٨ هجرى قمرى (اسفند ماه ١٣٢٨ شمسى) تأليف شده است.