على بن جعفر نزد پيشواى دهم عليه السلام بسيار محترم و ارجمند بود. بين او و «فارس بن حاتم» اختلافى پديد آمد و نزاعى درگرفت. «موسى بن جعفر» نامه‌اى خدمت امام عليه السلام نوشت و جريان نزاع آنان را به اطّلاع آن حضرت رساند و از او خواست تا تكليف وى را روشن كند كه در مسائل و مشكلات به كداميك از آنان رجوع كند. امام عليه السلام در پاسخ نوشت:
سزاوار نيست از مثل جنين مسأله‌اى پرسيده شود و نه در مثل چنين موضوعى شك شود. خداوند به «على بن جعفر» مرتبتى والا بخشيده و ما در بازداشته از اين كه او با فردى مثل «فارس بن حاتم» مقايسه كنيم. بنابراين، به گاه نياز، به على بن جعفر رجوع كنيد و از «فارس» دورى گزينيد و او را در هيچيك از امور خود راه ندهيد «١» على بن جعفر به جرم جانبدارى از مكتب امامت، مورد خشم دستگاه خلافت عباسى قرار گرفت. جاسوسان از او نزد متوكّل سعايت كردند، كه منجر به دستگيرى و به زندان افكندن وى شد. وى مدت زيادى در زندان بود، تا آنكه يكى از درباريان و نزديكان متوكّل، در قبال دريافت سه هزار دينار تعهّد كرد او را از زندان آزاد كند؛ ولى خبر به متوكّل رسيد، سخت مخالفت كرد و گفت: او وكيل ابوالحسن است و من تصميم بر قتل او دارم. على بن جعفر، پس از آگاهى ازتصميم متوكّل، سخت بيمناك شد. نامه‌اى به امام هادى عليه السلام نوشت و موقعيّت دشوار و خطرناك خود را براى آن حضرت بازگفت. امام عليه السلام در پاسخ نوشت كه در فكر او هست و برايش دعا خواهد كرد و از او عذر خواهى نمود. «٢» «ابوجعفر عَمْرى» نقل مى‌كند: «ابوطاهر بن بلال «٣» در سفر حج ديد على بن جعفر