فرمانده در پاسخ گفت: «اى امير! بيم از تو، ترس از خدا را از يادم برد، و نيز وعده‌اى كه به من دادى عقلم را ربود.» به دستور حاكم خراسان، غُل و زنجير سنگين را از پاى «محمّد» گشودند و زنجير سبكترى بر پاى او زدند و وى را به زندان افكندند. «محمّد» مدّت سه ماه در زندان بود.
حاكم خراسان مى‌كوشيد جريان دستگيرى «محمّد بن قاسم» را از مردم پنهان دارد؛ چون او در منطقه خراسان هواداران بسيارى داشت، و بيم آن مى‌رفت كه در صورت اطّلاع، عليه نيروهاى حكومتى شورش كنند.
«محمّد بن قاسم» از نيشابور به بغداد برده و به دستور معتصم به زندان افكنده شد. ولى ديرى نپاييد كه با طرح ماهرانه‌اى از زندان گريخت و به «واسط» رفت و در آنجا پنهان گشت. وى، دوران معتصم، واثق، و مدتى از دوران متوكّل را در خفا بسر برد و به نقلى در زمان متوكّل دوباره دستگير شد و تا آخر عمر در زندان بسر برد، و به گفته بعضى مسموم شد و به شهادت رسيد. «١» ٢. جنبش محمّد بن صالح‌ محمّد از نوادگان امام مجتبى عليه السلام و فردى جوانمرد، رزمنده، شجاع، در عين حال، ظريف طبع و شاعر به شمار مى‌رفت. وى قيام خود را از «سوبقه» آغاز كرد و گروه زيادى از مردم را به گرد خود فراهم آورد. در همين سال، فردى به نام «ابوالسّاج» به عنوان نماينده رسمى حكومت به حج رفته بود. عموى «محمّد بن صالح» به نام «موسى بن عبداللَّه» نيز در مكّه بود. وى از ترس آن كه مبادا پيامدهاى نهضت برادرزاده‌اش «محمّد ابن صالح» دامن او را بگيرد و مشكلاتى براى وى و خانواده‌اش فراهم سازد، نزد «ابوالسّاج» رفت و ضمن افشاى مسائل مربوط به نهضت برادرزاده‌اش به وى اطمينان داد كه «محمّد» را تسليم او خواهد كرد.