يكى‌از مفاهيم مهمى كه امام سجّاد در دعاها به تبيين آن پرداخت، مفهوم امامت بود.
١- در دعاى عرفه مى‌فرمايد:
«پروردگارا رحمت فرست بر پاكيزه‌تران از اهل بيت او كه ايشان را براى قيام به امر خود برگزيده‌اى و خزانه‌داران علم و نگهداران دين و جانشينان خويش در زمين و حجتهاى خويش بر بندگان خود قرار داده‌اى و ايشان رابه خواست خود از پليدى و آلودگى يكباره پاك كرده‌اى و وسيله توسل به خود و راه بهشت خود ساخته‌اى.» در فراز ديگر از همين دعا مى‌فرمايد:
«خدايا تو در هر زمانى دين خود را به وسيله پيشوايى تاييد فرموده‌اى كه او را براى بندگانت به عنوان عَلَم و در كشورهايت به جاى نورافكن بر پا داشته‌اى؛ پس از آنكه پيمان او را با پيمان خود به پيوسته و او را وسيله خشنودى خود ساخته‌اى و طاعتش را واجب كرده‌اى و از نافرمانيش بيم داده‌اى ... خدايا آنچه از نشانه‌هاى دينت كه ستمكاران ميرانده‌اند، به وسيله او زنده ساز و زنگ جور ظالمان را به مدد او از شريعت بزداى و » «١» در اين دو فراز از دعاى شريف، امام به كنايه خود را حاكم منصوب از جانب خدا معرفى مى‌كند كه براى «قيام به امر خدا» و «نگهدارى دين» و «پشتيبانى دين» برگزيده شده است و اين عبارت صراحت در حكومت و تصدى امامت دارد كه عبارت است از تصدى دينى و دنيايى.
٢- در دعاى روز جمعه و عيد قربان مى‌ تاريخ زندگانى امام سجاد(ع) ٢٠٤ د - مبارزه با تصوف و زهدنمايى ص : ٢٠٤ فرمايد:
«خدايا اين مقام (خلافت و القاى خطبه و اقامه نماز عيد) مخصوص خلفا، برگزيدگان و امانت‌داران توست كه آنان را به درجه اعلاى معرفت و قرب اختصاص داده‌اى، ولى از طرف غاصبان، دستخوش غارت و چپاول گشته است.» «٢» د- در بيان مسائل فقهى‌ بين امام و فردى در يك مسأله فقهى مشاجره افتاد. امام براى اينكه به او بفهماند