الواقع أنّ المصادر لم تذكر لنا سنة وفاة السيّد زين العابدين ، لكن الواضح أنّه اغتيل على يد جماعة من المخالفين النواصب من الذين نقموا عليه لتصدّيه للعمل في تأسيس بيت الله الحرام لما وجدوه منه من تشيّعه وولائه الخالص لآل البيت : [١] وربما اردي قتيلاً بعد تشييد الكعبة المعظّمة بمدّةٍ وجيزة.

وقد دُفن السيّد زين العابدين في قبرٍ أعدّه لنفسه [٢] بمقبرة المعلاة [٣] بجوار قبور أُستاذه محمد أمين الاسترابادي ، والميرزا محمّد الرجالي [٤]

[١] الأميني ، شهداء الفضيلة ، ص ١٨١.

[٢] يُنظر : ص ٧٥ من النصّ ؛ الأميني ، شهداء الفضيلة ، ص ١٨١ ؛ الأمين ، أعيان الشيعة ، ج ٢٢ ، ص ٣٤٢.

[٣] مقبرة المعلاة أو المُعلى : هي مقبرة أهل مكّة وبها قبور جمع من الصحابة حيث كان أهل مكّة في الجاهليّة وصدر الإسلام يدفنون موتاهم في شعب أبي ذئب قرب الحجون ، حتّى تحوّلوا في دفن موتاهم إلى شعب المعلاة بعد أن أشار النبيّ ٦ عليهم أنّه نِعْمَ الشعب ونِعْمَ المقبرة ، وتقع قبالة الكعبة المعظّمة. يُنظر : الفاسي ، شفاء الغرام ، ج ١ ، ص ٢٨٤.

[٤] وهو السيّد السند الفاضل الكامل المحقّق المدقّق الميرزا محمد بن علي بن إبراهيم الاسترابادي أصلاً الغروي ثمّ المكّي جواراً ومدفناً ، عالم جليل ، تتلمذ على يده العديد من علماء الطائفة وأهل الفضيلة مثل العالم المحقّق محمد أمين الاسترابادي والشيخ المحقّق الفقيه فخر الدِّين أبو جعفر محمد صاحب كتاب استقصاء الاعتبار وأبو الحسن الشيرازي