در بغداد بردند، معتصم كه از حركت محمّد به بغداد آگاه شده بود، به ابراهيم نامه نوشت كه عمامه از سر او بردارند و وى را سربرهنه بياورند و روپوش هودج را نيز برگيرند و قاطر را هم برهنه كنند و سپس محمّد را به بغداد داخل نمايند.

معتصم با اين كار مى‌خواست محمّد را تحت شكنجه روحى قرار دهد و از شأن و منزلت او بكاهد. وقتى محمّد را وارد شهر بغداد مى‌كردند، مردم در خيابانها براى تماشاى او ازدحام كرده بودند. سپس وى را بر معتصم كه در مجلس تفريح و باده‌گسارى نشسته بود، وارد كردند.

در اين حال محمّد بن قاسم تسبيح مى‌گفت و استغفار مى‌كرد و زير لب دعا مى‌خواند و بر آنها نفرين مى‌فرستاد. معتصم نشسته بود و شراب مى‌خورد و محمّد ايستاده بود تا آنكه معتصم از تفريح و بازى خويش فراغت يافت. آنگاه دستور داد محمّد بن قاسم را به زندان برند.

محمّد بن قاسم به زندان افتاد. او فوراً در پى طرح نقشه‌اى هوشمندانه از زندان‌گريخت و خودرا در بغداد پنهان كرد واز آنجا به‌منطقه‌اى به‌نام‌واسط رفت.

وى پس از گريز از زندان تا پايان روزگار حكومت معتصم و سپس واثق و قسمتى از دوران حكومت متوكل مخفيانه زندگى مى‌كرد. بنابر روايتى متوكّل او را دستگير و روانه زندانش كرد و او تا هنگام مرگ در زندان به سر برد.

در طى مدّت نه چندان كوتاهى كه محمّد بن قاسم از ديده‌ها پنهان بود،