تا وقتی که خوارج تنها به اظهار عقیده قناعت کرده بودند ، علی - علیه‌ السلام - متعرض آنها نشد ، حتی به تکفیر خود از طرف آنها اهمیت نداد ، و حقوق آنها را از بیت المال قطع نکرد و با منتهای جوانمردی به آنها آزادی در اظهار عقیده و بحث و گفتگو داد ، اما از آن وقت که به عنوان‌ امر به معروف و نهی از منکر ، رسما شورش کردند دستور سرکوبی آنها را داد . در نهروان میان آنها و علی - علیه السلام - جنگ شد و علی شکست سختی به‌ آنها داد . مبارزه با خوارج از آن نظر که مردمی معتقد و مؤمن بودند بسیار کار مشکلی بود ، آنها مردمی بودند که به اعتراف دوست و دشمن دروغ نمی‌گفتند ، صراحت لهجه عجیبی داشتند ، عبادت می‌کردند ، آثار سجده در پیشانی‌ بسیاری از آنها نمایان بود ، بسیاری قرآن تلاوت می‌کردند ، شب زنده دار بودند ، اما بسیار جاهل و سبک مغز بودند ، اسلام را به صورتی بسیار خشک‌ و جامد و بی روح می‌شناختند و معرفی می‌کردند . کمتر کسی می‌توانست خود را برای جنگ