به همين جهت وقتى حضرت امير عليه السلام به خلافت رسيد، بنى‌اميّه سخت متأثر شدند.
معاويه با طرح اين شبهه كه على از يارى عثمان خوددارى كرده است تمام گناه آن را به گردن امام عليه السلام گذاشت. و از حماقت سپاهيان خود و سستى تازه مسلمانان عراق بهره جست. و به‌بهانه خونخواهى عثمان مشكلات عديده‌اى را در جهان اسلام به‌وجود آورد.
بنابراين يكى از مشكلات عمده حضرت على عليه السلام بنى‌اميّه بودند كه از قدرت نظامى و اقتصادى نسبتاً زيادى برخوردار بودند.
على عليه السلام، قهرمان مبارزه با شرك و جهل كه حيات خود را وقف اصلاح جامعه مسلمانان كرده بود در ١٩ رمضان سال ٤٠ ه. ق. در محراب عبادت مجروح گشت و در روز ٢١ رمضان همان سال به شهادت رسيد.