وقد فقد قسم من هذا الكتاب والذي قبله ولم يبق منهما سوى مئات الصفحات بخط يده الشريفة، آملين أن تدفعها يد العناية إلى المطابع للحفاظ عليها.
وهناك بحوث مخطوطة في أبواب مختلفة بعضها كامل وبعضها ناقص وهي:
المقصد الرابع في الجماعة، والمقصد السادس في صلاة المسافر (٢٣٤ صفحة).
في قضاء الصلاة (٣ صفحات).
الركن الثالث في التيمم (١٧ صفحة).
المبحث الثالث في الشك (في أفعال الصلاة) (٣٥ صفحة).
الأدعية المأثورة بين التكبيرات ومباحث القراءة (٨٠ صفحة).
فصل في الخلل الواقع في الصلاة (١٢٠ صفحة).
في ختام المسائل المتعلقة بالشك (٨ صفحات).
كتاب الطهارة (١٧٠ صفحة).
كتاب القضاء (٧٠ صفحة).
كتاب الصوم (٦٠ صفحة).
صلاة الجمعة (١١ صفحة).
في الاجتهاد والتقليد (٢٢ صفحة).
المقام الثاني في الاستصحاب (الأصول العقلية) (٢٨٠ صفحة).
قاعدة من ملك شيئا (٨ صفحات).
مباحث الألفاظ، بحث الضرر، والخراج، والواجب المطلق والمشروط، والنهي عن الضد (مئات الصفحات).
الأصول العقلية (٢٥٠ صفحة).
مواضيع أخرى متفرقة.
وقد كتب المرحوم آية الله السيد الصفائي الخوانساري رحمه الله في مذكراته أن الحاج الشيخ موسى ألف بعد سفره إلى مشهد المقدسة وإقامته فيها مدة قصيرة رسالة في اجتماع الأمر والنهي وطبعها. وأضاف أنه كانت بحوزته نسخة منها لكنه أعارها لأحد الأشخاص ولم يعدها إليه.