در باب افكار و عقايد شيخ فراوان سخن گفته‌اند، بعضى وى را پيرو اهل سنت شمرده‌اند، و بسيارى يك شيعى با ايمانش گفته‌اند و عده‌يى نيز عقيده دارند كه شيخ دانشمندى صوفى‌منش بوده و ميل به سياحت و زندگانى درويشى داشته است.

صاحب منتخب التواريخ مى‌گويد:

مدتى در شام بود و اظهار مى‌داشتند مذهب شافعيه دارد.

صاحب خلاصة الاثر گويد:

شيخ ابو الوفا عرضى مى‌گويد كه در زمان سلطنت سلطان مراد بن سليم، شيخ بهائى پنهانى بحلب آمد و به قيافه درويشان بود و در محضر پدرم شيخ عمر حاضر مى‌شد و پدرم دانست كه وى رافضى و شيعى است، پس بهائى از يك بازرگان ايرانى خواهش كرد كه مجلسى بر پا سازد و پدرم را با او آشنا نمايد، و در آن مجلس گفت كه من پيرو سنتم و صحابه را دوست دارم ليكن چكنم كه پادشاه ما شيعه است و سنيان را بقتل مى‌رساند و وى پاره‌اى از تفسيرى به نام عباس مى‌نوشت و چون بديار اهل سنت رسيد مقدمه‌ى آن را بنام سلطان مراد كرد.

صاحب روضات الجنات مى‌گويد:

برخى گفته‌اند كه وى از اهل سنت و جماعت بوده و تقيه مى‌كرده است و نيز گويند كتاب جامع عباسى را از آن نوشت كه از تهمت صوفى بودن رهائى جويد و در جاى ديگر از قول سيد عز الدين حسين بن سيد حيدر كركى عاملى كه از شاگردان شيخ بوده است گويد: