اجتاز المراحل الدراسية الابتدائية والمتوسطة والإعدادية في مسقط رأسه ثم أكمل ما بقي منها في معهد أسوان الثانوي ـ القسم العلمي ـ ثم ذهب إلى القاهرة عام ١٩٨٠م لمواصلة دراسته الجامعية، فالتحق بادىء الأمر بكلية طبّ الأسنان ثم انتقل منها إلى كلية الشريعة ثم انتقل منها إلى كلية الشريعة والقانون حتى تخرّج منها عام ١٩٨٦م.

له رسالة بحث عن الأجرام السماوية في المناطق النائية باشراف الدكتور شاكر بدوي قدّمها لجامعة الأزهر عام ١٩٨٧م.

بحثه عن الحقيقة:

توجه السيد محمد من منطلق ارواء تعطّشه الفكري للحقيقة إلى البحث عن الانتماء الذي يمنحه الطمأنينة والاستقرار، واندفع بشوق إلى البحث عن العقيدة التي تفرض نفسها على العقل بالأدلة والحجج والبراهين.

فيقول السيد محمد في هذا المجال: "كنت في ريب مما كنت أتعبّد به،