سلطان پس از اطلاع از موضوع مامورانى را روانه مكه نمود. مأموران حكومت، شهيد ثانى را در «مسجدالحرام» پس از پايان نماز عصر دستگير كرده و به مدت چهل روز در خانه‌اى زندانى نمودند. سرانجام وى را به «قسطنطنيه» آورده درسال ٩٦٥ ه. ق.
مظلومانه به شهادت رساندند.
بدن اين فقيه شهيد همانند مقتدايش «ابا عبد الله الحسين» (ع)، سه روز بدون غسل و كفن بر روى زمين باقى ماند و در آخر هم بدنش را به دريا افكندند. «١»