ثقةالاسلام كلينى به منظور مقابله با اين خطر، بخش عمده‌اى از كتاب اصول كافى را به مسأله امامت امامان معصوم (ع) اختصاص داد و با استفاده از قرآن مجيد و سخنان ائمه اطهار به تشريح جوانب گوناگون آن پرداخت.
مبارزات سياسى ثقةالاسلام كلينى‌ گرچه در تاريخ زندگى كلينى نامى از مبارزه مستقيم و رودرروى وى با حكّام وقت برده نشده، اما مبارزه غير مستقيم او با آنان به مراتب از مبارزه مستقيم، كارسازتر و مؤثرتر بود چرا كه آنان در صدد بودند با به شهادت رساندن امامان شيعه و تحت فشارگذاردن پيروان آنها، ريشه تشيّع را بركنند اما شيخ كلينى با جمع‌آورى و حفظ و تنظيم آثار ائمّه اطهار عليهم صلوات الله، به مبارزه با توطئه آنان برخاست. ثقةالاسلام كلينى در كتاب ارزنده كافى با استناد به سخن رسول خدا (ص)، ولايت و رهبرى امامان عليهم‌السلام را به ولايت پيامبر ارتباط داده و پذيرش آن را همچون پذيرش رسالت امرى واجب و لازم دانسته است. متن حديثى كه در اين زمينه نقل كرده چنين است:
جابر از امام باقر عليه‌السلام نقل كرده كه وقتى آيه «يَوْمَ نَدْعُوا كُلِّ اناسٍ بِامامِهِمْ» «١»، نازل شد، مسلمانان پرسيدند يا رسول‌الله مگر شما امام همه مردم نيستيد؟ حضرت فرمود: من پيامبر همه هستم و ليكن بعد از من امامانى از اهل بيتم از طرف خدا امام مردمند و مسؤوليت امامت را برعهده مى‌گيرند ولى عده‌اى آنان را تكذيب مى‌كنند. و آنان از طرف رهبران كفر و پيروانشان، مورد ظلم و ستم قرار مى‌گيرند. پس هر كس ولايت آنان را بپذيرد و تصديقشان كند او از من و با من است و بزودى مرا ملاقات خواهد كرد. و هر كس به ايشان ظلم كند و تكذيبشان نمايد او از من و با من نيست و من از وى بيزارم.» «٢» اين عالم بزرگ در نگرشى ديگر رهبران جامعه را به دو گروه تقسيم كرد گروهى كه مردم را به سوى خدا مى‌خوانند و گروهى كه مردم را به آتش جهنم دعوت مى‌كنند و در اين زمينه حديثى از امام صادق (ع) نقل كرده‌است.