التميهد فى علوم القرآن، كامل‌ترين مجموعه علوم قرآنى در جهان اسلام ونخستين مجموعه كامل علوم قرآنى در جهان تشيع است. اين مجموعه ارزشمند وماندگار با آخرين نظريات وديدگاه‌هاى مؤلف، در ده جلد منتشر شده است. عنوان جلدهاى اين مجموعه عبارتند از: تاريخ القرآن، قراءات، المحكم و المتشابه، مقدمة فى الاعجاز القرآنى، الاعجاز البيانى، الاعجاز العلمى والتشريعى، شبهات وردود حول القرآن الكريم، صيانة القرآن من التحريف، تاريخ التفسير، مناهج التفسير.

٢. التفسير الاثرى الجامع (٦ جلد، ٣٢٣٢ صفحه)

مجموعه التفسير الاثرى الجامع، اثر تفسيرى ارزشمندى است كه با شيوه‌اى نوين، به گردآورى منابع و ميراث تفسير روايى همراه با نگاه نقادانه به منقولات موجود در كتب تفسير روايى فريقين پرداخته است. اين مجموعه تفسيرى ماندگار در زمان حيات علامه معرفت، تا پايان سوره بقره، در شش جلد، به قلم ايشان تدوين شده است.

برخى از ويژگى‌هاى اين تفسير عبارتند از: جمع و تنسيق روايات فريقين در كنار يكديگر، بررسى صحّت و سقم روايات و نقد عالمانه آنها، عرضه روايات تفسيرى اهل بيت عليهم السلام به جهان اسلام و نشان دادن برترى آن بر منقولات ديگران.

٣. التفسير و المفسّرون فى ثوبه القشيب (٢ جلد، ١٠٦٠ صفحه)

اين كتاب در دو جلد تنظيم يافته است. جلد اول شامل مباحث مفهوم شناسى واژه تفسير، تاريخ تفسير و روش‌هاى تفسيرى است. اين كتاب شامل بسيارى از مبانى و نظريات استاد معرفت در عرصه‌هاى مختلف تفسير و روش‌هاى تفسيرى و كتب مفسّران است.

٤. تفسير و مفسران (٢ جلد، ١١٣٦ صفحه)

كتاب تفسير و مفسران، ترجمه «التفسير و المفسرون فى ثوبه القشيب» است. اين كتاب، با برخى اضافات واصلاحات ودر پاره‌اى از موارد، با تجديد نظر علامه معرفت منتشر شده است. ويژگى‌هاى اين كتاب عبارتند از:

نقل وبررسى محققانه آراى ديگران، نوآورى و ابتكار، آشكار سازى نقش اهل بيت عليهم السلام در تفسير قرآن، صحابه و تابعان و كتاب‌هاى تفسيرى شيعه، دفاع از حريم مكتب اهل بيت، بررسى كامل دانش تفسير و مكاتب مختلف آن.

٥. شبهات و ردود حول القرآن الكريم (٦٠٨ صفحه)

علامه معرفت در اين كتاب به معروف‌ترين شبهات مطرح پيرامون قرآن كريم پاسخ داده‌اند. اين كتاب در حقيقت جلد هفتم كتاب التمهيد، در موضوع «علوم قرآنى» است كه به دليل اهميت، به طور جداگانه منتشر شده است.

٦. نقد شبهات پيرامون قرآن كريم (٧٢٠ صفحه)

اين كتاب ترجمه «شبهات وردود حول القرآن الكريم» است. فصل‌هاى اين كتاب عبارتند از: آيا قرآن جز وحى منبع ديگرى دارد؛ قرآن و فرهنگ‌هاى زمانه؛ پندار اختلاف و تناقض در قرآن؛ قرآن و واقعيت‌هاى علمى، تاريخى وادبى، قصه‌هاى قرآنى.