مذهب و معتقدات محمد بن جرير طبرى اين اندازه مسلم است كه طبرى در زمان حيات متهم بتشيع و دوستى حضرت على عليه السلام و ائمه اطهار بوده است . در نتيجهء همين اتهام پس از مرگش ، از ترس عوام و متعصبان اهل سنت و جماعت ، او را در شب دفن كردند [١] آنچه تأييد مىكند تمايل او را بتشيع آنست كه مردم طبرستان و گيلان از همان اوايلى كه بدين مقدس اسلام درآمدند اكثر آنان شيعى مذهب بودند و بدوستى اهل بيت شهرت داشتند ازينرو يكى از پناهگاههاى شيعيان و سادات علوى در زمانهائى كه خلفاى اموى و عباسى در صدد آزار و افناء آنان بودند ، جبال طبرستان و گيلان بود . سلاطين آل بويه نيز كه خود شيعه پاك اعتقاد بودند و از مذهب شيعهء اثنى عشرى ترويج ميكردند از گيلان برخاسته بودند .
در عصرى كه طبرى نشو و نما يافت مردم طبرستان عموما پيرو حضرت على عليه - السلام و اولاد بزرگوار او بودند . از مجموع اين قرائن ميتوان استنباط كرد كه طبرى نيز از جهت تأثير محيط و خانواده و پرورش ابتدائى قطعاً شيعه و يا متمايل بتشيع بوده است ولى معلوم نيست كه بر فرض تشيع طبرى و يا تمايل او بتشيع ، معتقدات وى دربارهء صحابه و خلفاى راشدين همچون معتقدات شيعه‌هاى دوازده امامى بوده است ؟
از حكايات و قضايائى كه در تاريخ زندگانى وى ديده مىشود چنان بر مىآيد كه اگر هم تمايل بمذهب شيعه داشته است ، نسبت بخلفاى راشدين و صحابه حضرت رسول اكرم صلى الله عليه و آله نيز بدبين نبوده و آنان را گرامى ميداشته است . مگر اينكه بگوييم تجليل وى از خلفا و صحابه از راه تقيه بوده است و اين گمان در پاره‌اى از موارد چندان دور از حقيقت نمىنمايد زيرا چنانكه معلوم است شيوع مذهب تسنن در زمان طبرى آن هم در مركز خلافت اسلامى و در دربار خليفه در نهايت شدت بود و مخالفان آن مذهب بويژه شيعيان دوازده امامى هيچگونه آزادى اظهار عقايد و عمل نمودن بآداب و مراسم مذهبى خود نداشتند و ازينرو برخى از علماى آن عصر كه محققاً شيعه بوده‌اند ، به ظاهر خود را همرنگ ديگران ميكردند و از تقيه خوددارى نمينمودند .

[١] معجم الادباء : چاپ مصر