كان تحقيق تفسير البرهان وفقا لمنهجية العمل الجماعي الذي ارتضاه قسم الدراسات الإسلامية من أول تأسيسه كأسلوب لتحقيق النصوص ، ويمكن تلخيص مراحل العمل في تحقيق هذا الكتاب إلى ما يلي :

١ ـ في خاتمة التفسير أشار المصنف إلى أنه كان يصلح ويصحح بعض مصادر تفسيره عند النقل عنها ، وذلك في قوله : «لأن بعض الكتب التي أخذت منها هذا الكتاب كتفسير علي بن إبراهيم وكان يحضرني فيه نسخ عديدة ، والعياشي وكان يحضرني منه نسختان من أول القرآن إلى آخر سورة الكهف ، فأصلحت وصححت بحسب الإمكان من ذلك ، والله سبحانه هو الموفق».

وهذا القول يعني أن بعض المصادر التي اعتمدها كانت سقيمة النسخ وكثيرة التصحيف والتحريف ، ولهذا نرى أن المصنف أعطى رخصة في إصلاح الكتاب لمن تتوفر لديه مصادر أدق وأصح نسخة من المصادر التي اعتمدها ، وذلك في قوله : «والالتماس من الإخوان الناظرين في هذا الكتاب إن صح عندهم ما هو أصح من الأصول التي أخذت منها هذا الكتاب ، فليصلحوا ما تبين فيه من الخلل».

وعند ما شرعنا بتحقيق هذا الكتاب لم نكتف بمقابلة الطبعة الحروفية له بالنسخ المخطوطة المشار إليها آنفا ، بل قمنا بمقابلتها بالمصادر التي استخرجنا منها والمعتمدة من قبل المصنف أيضا ، وأشرنا إلى الاختلافات في الهامش ، أما ما رأيناه ضروريا لاستقامة النص وتخلو منه نسخ البرهان المتوفرة لدينا فقد أثبتناه من المصادر واضعين ذلك بين معقوفتين ، أما ما ترجح من المصادر على نسخ البرهان المخطوطة فقد أثبتناه في المتن مع الإشارة إليه في مواضعه من التفسير.

٢ ـ مقابلة التفسير بالنسخ المخطوطة التي سبقت الإشارة إليها ، وتسجيل اختلافاتها.

٣ ـ تخريج الأحاديث والنصوص المختلفة من المظان التي اعتمدها المصنف ، ومقابلتها بالمصادر وتثبيت اختلافاتها.

وقد اعتمد المصنف مصادر كثيرة نقل عن بعضها بالواسطة ، فكان واسطته إلى طرق الجمهور كتاب (الطرائف) لابن طاوس ، وقد خرجناها منه ومن المصادر الأصل التي نقل عنها صاحب (الطرائف) ، أما الواسطة