توفي السيد هاشم البحراني في بيت الشيخ عبد الله ابن الشيخ حسين ابن علي بن كنبار، لأنه كان متزوجا بمخلفة الشيخ المذكور، ونقل نعشه إلى قرية توبلي، ودفن في مقبرة ماتيني من مساجد القرية المشهورة وقبره مزار معروف إلى اليوم.

أما تاريخ وفاته فهو مردد بين سنة ١١٠٧ هـ و ١١٠٩ هـ.

وقال الشيخ محمد مرز الدين في مراقد المعارف ٢ / ٣٥٨:

مرقده في قرية توبلي بمقبرة ماشني، وقبره عامر مشهور يزار، ينذر إليه النذور ويتبركون به.

وقال السيد حسن الأمين في موسوعته دائرة المعارف الإسلامية الشيعية ٩ / ٤٦ - ٤٧: قبر السيد هاشم البحراني في بلدة توبلي، وهو يقع على مرتفع مطل على طريق السيارات العام من جهة وعلى ساقية ماء من جهة ثانية، وهذا المرتفع هو إطلال بيت السيد وإطلال مسجده، وأمامه اليوم أرض فضاء واسعة كانت في القديم تتبع المسجد، ويفصلها عن القبر ساقية ماء... مظهره الخارجي يدل على عناية وتحسين أكثر من القبر السابق - قبر الشيخ حسين عصفور...