مهمترين مشكل روابط خارجى «محمّد شاه» مسأله هرات بود. هرات در طول تاريخ هميشه جزئى از خاك ايران بود، امّا پس از شكست ايران در جنگ دوم با روسيه وگسترش نفوذ سياسى آن كشور در دربار ايران، انگلستان براى حفظ امنيت مستعمره خود هندوستان، تصميم به جدايى آن از ايران گرفته و به همين دليل حاكم آنجا را تشويق به سرپيچى از ايران كرد.
هر چند دو كشور روسيه و انگلستان استقلال ايران را به رسميت شناخته بودند، امّا هر دو كشور در مسأله هرات كه يك مشكل داخلى بود در امور ايران دخالت كرده و مانع‌الحاق آن به ايران و سركوب حاكم شورشى آنجا شدند.
دخالت انگلستان در قضيه هرات بيشتر و ملموس تر بود و در اين زمينه دست به اقدامهايى‌زد، از جمله توطئه بركنارى و قتل قائم مقام، پشتيبانى و حمايت از حاكم هرات و سرانجام حمله نظامى و اشغال جزيره «خارك» ايران در زمان محاصره هرات.
ايران در زمان محاصره هرات، «ميرزا حسين خان آجودان باشى» را براى متقاعد كردن انگلستان به فراخوانى سفير خود كه در امور ايران دخالت مى‌كرد و همچنين تشريح مواضع بر حق خود در هرات، به اروپا فرستاد. وى هرچند در هدف اوّل خود ناموفق بود، اما توانست روابط مجدّد ايران و فرانسه را برقرار سازد.
پس از فشارها و تهديدهاى انگلستان، ايران از محاصره هرات دست برداشت و پس از آن روابط ايران و آن كشور به حالت دوستانه برگشت، اما روابط ايران و عثمانى بحرانى شد كه سرانجام با ميانجيگرى دولتهاى روسيه و انگلستان منجر به امضاى عهدنامه دوم ارز روم شد.