خواجه در محل رصد كتابخانه بزرگى تأسيس كرد و بنا بگفته ابن شاكر در كتاب فوات الوفيات و بعض ديگر از مورخان شماره كتابهاى اين كتابخانه بچهارصد مجلد مى‌رسيد.

خواجه تا پايان عمر در مراغه بكار رصد مشغول بود و رصد را تمام ناكرده بدرود زندگانى گفت.

در خلال اين مدت چند مرتبه مسافرت باطراف نمود. مرتبه اول در سال ٦٦٢ براى جمع‌آورى كتاب و رسيدگى باوقاف سفرى بعراق و بغداد نمود و اين سفر چندان بطول نيانجاميد و به مراغه بازگشت.

و در سال ٦٦٥ نيز سفرى بخراسان و قهستان كرد و در اين سفر علامه قطب الدين شيرازى در خدمت وى بود اين سفر بيش از يكسال طول كشيد و در سال ٦٦٧ بمراغه مراجعت نمود.

و سفر آخر وى در سال ٦٧٢ در ملازمت اباقا خان ببغداد بود در اين سفر گروه بسيارى از ياران و شاگردانش در خدمتش بودند. اباقا خان در بغداد زياد توقفى نكرد و بمراغه بازگشت و خواجه براى رسيدگى بحساب اوقاف در بغداد بماند و پس از يكماه از توقفش بيمار گشت و در اثر آن مرض عالم فانى را وداع گفت، و اين واقعه در روز دوشنبه هيجدهم ذوالحجه سال ٦٧٢ روى داد. تاريخ وفات او را بعضى «نور اللّه قبره» يافته‌اند. و حمد مستوفى در تاريخ گزيده دو بيت زير را در تاريخ مرگ خواجه آورده است:

نصير ملت و دين پادشاه كشور فضل‌

يگانه‌اى كه چو او مادر زمانه نزاد

بسال ششصد و هفتاد و دو بذو الحجه‌

بروز هيجدهم درگذشت در بغداد