بخش اول: كليات‌ فصل اول: بيان مسأله، اهميت و قلمرو فصل دوم: بررسى مفاهيم‌ فصل سوم: سابقه خروج از حاكميت دينى‌ در اين بخش، چند بحث كلى در باره موضوع تحقيق در سه فصل ارائه مى‌گردد:
در فصل اول، مباحثى در باره طرح تحقيق، نظير بيان مسأله تحقيق و طرح سؤال اساسى و سؤالات فرعى و نيز اهميت و ضرورت و حدود و قلمرو تحقيق، آورده مى‌شود.
در فصل دوم، مفاهيمى كه به نوعى در اين تحقيق به كار برده شده اند و لازم است تا خواننده از مفهوم مورد نظر آنها در اين تحقيق، اطلاع داشته باشد، تعريف مى شود؛ مفاهيمى نظير بررسى فقهى، خروج، حاكميت، بغى و بغات، محارب و مفسد فى الارض، معاند و مخالف سياسى.
در فصل سوم نيز سابقه‌اى از موضوع تحقيق ارائه مى گردد و اينكه آيا در تاريخ اسلام و زمان حكومت حضرت رسول (ص) و امام على (ع) و امام حسن (ع) و نيز در تاريخ انقلاب اسلامى ايران تا قبل از طرح موضوع خروج از حاكميت، موارد و مصاديق مشابه يافت مى شود يا خير؟