مأمور تشكيل دولت موقت شد. ايشان به دنبال اختلاف نظرهاى جدى كه با امام پيدا كرد، «١» سرانجام در تاريخ ١٤/ ٨/ ٥٨ با ارسال نامه‌اى به خدمت امام از سمت خويش كناره‌گيرى كرد. «٢» در نامه او آمده است:
پيرو توضيحات مكرر و نظر به اين كه دخالت‌ها، مزاحمت‌ها، مخالفت‌ها و اختلاف نظرها، انجام وظايف محوله و ادامه مسؤوليت را براى همكاران و اينجانب مدتى است غير ممكن ساخته ... بدين وسيله استعفاى خود را تقديم مى‌دارد تا به نحوى كه مقتضى مى‌دانند امور را در فرمان رهبرى بگيرند و يا داوطلبانى را كه با آنها هماهنگى وجود داشته باشد، مأمور تشكيل دولت فرمايند. «٣» ايشان پس از استعفا تا زمان فوتشان در رأس نهضت آزادى، رهبرى اپوزيسيون داخلى نظام را بر عهده داشت.
٢. آيت‌اللَّه «طاهرى اصفهانى»، نماينده حضرت امام در استان اصفهان و امام جمعه اصفهان بود. ايشان پس از امام راحل از سوى رهبر معظم انقلاب عملًا در سمت خويش ابقاء شد تا اين كه با ارسال نامه‌اى خطاب به ملت از سمت خود استعفا داد. نامه و استعفاى او در محافل سياسى داخلى و خارجى به ابراز مخالفت با نظام و رهبرى آن تعبير شد.