بالهجرة الثانية إلى الحبشة بإمرة ابن عمه جعفر بن أبى طالب ، كان خالد بن سعيد ممن شدوا رحالهم إليها ، ويمكث خالد في الحبشة ما شاء الله أن يمكث ، ثم يعود إلى المدينة مع إخوانه المؤمنين وفي مقدمتهم جعفر بن أبى طالب ، وذلك سنة سبع من الهجرة ، فيجدون المسلمين قد فرغوا لتوهم من فتح خيبر ، وفرح رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم بقدومهم وقال قولته المشهورة : والله ما أدرى بأيهما أشد فرحا ، بفتح خيبر أم بقدوم جعفر ( وأصحابه ) .
وقد هاجر خالد إلى الحبشة ومعه امرأته أميمة بنت خالد الخزاعية ، وولدت له بها ابنه سعيد بن خالد ، وابنته التي سماها ( أم خالد ) باسم أمه ، وهاجر بعده إلى أرض الحبشة أخوه عمر وبن سعيد والتحق به ، وقدما إلى المدينة معا بقيادة جعفر بن أبى طالب في السفينتين .
وكلم رسول الله صلى الله عليه وآله المسلمين ، فأسهموا لهم ، وشهد خالد عمرة القضاء ، وفتح مكة ، ومعركة حنين ، والطائف ، وتبوك ، وبعثه رسول الله صلى الله عليه وآله إلى اليمن واليا ، وقيل : على صدقات مذحج وعلى صنعاء ، فتوفى النبي صلى الله عليه وآله وهو عليها .