فِي ثالث عر ربيع الآخر سنة خمس وتسعين. واستقر ابن أبي البقاء وخلع عَلَيْهِ فِي المخيم، ثُمَّ أعيد الصدر فِي حادي عشر شعبان سنة سبع وتسعين. فسار عَلَى سيرته إِلاَّ أنه تعاظم فِي هَذِهِ الولاية الثالثة.
واستمر إِلَى أن غضب منه الظاهر بسبب قضية سأله فِيهَا فأغلظ فِي الجواب فاحتمله، وسأل عن أحوال نوابه فوصف لَهُ التقي الزبيري فعرفه، فقرره فِي الحكم فِي جمادى الأولى سنة تسع وتسعين وسبعمائة، فباشر مباشرة حسنة إِلَى أن صرف فِي خامس عشر شهر رجب سنة إحدى وثمانمائة.
وأعيد الصدر المناوي فكان لَهُ يوم مشهود، إِلاَّ أنه لما وصل إِلَى باب الصالحية سقطت عمامته، فصادف بعد استقراره موت الظاهر فِي شوال من السنة، ثُمَّ سار صحبة العسكر لقتال نائب الشام تَنَم، فحصل النصر، وعظم قدر القاضي لأن السلطان جعله من أوصيائه، وَكَانَ فِي هذه السفرة بزي أكابر الأمراء من كثرة الغلمان والحشم والخدم والخيام، فلما رجع رجع فِي صورة الملوك لا يلتف لأحد ولا يأذن لأحد من الشهود وغيرهم فِي الجلوس، بل يؤدون شهادتهم وهم قيام عَلَى أرجلهم.
ثم بعد رجوعهم بقليل فِي أول سنة ثلاث وثمانمائة ورد الخبر بطَرْق اللنكية البلاد الشامية، فتجهز العسكر لقتالهم، فخرجوا فِي سنة ثلاث وثمانمائة، فلما انهزم العسكر المصري من اللنكية أسِرَ القاضي صدر الدين، فبلغ اللنك فاستحضره فدخل وعليه ثوب قصير وهو فِي حبل، فقال لَهُ: يَا قاضي، أنا كافر، تنادي عليّ فِي بلدكم أني كافر وقتالي واجب! فأنكر. فقال: تحلف وأقيم عَلَيْكَ البينة ثُمَّ أقطع رأسك وآمر أن يلقى إِلَى الفيلة.
فحكى القاضي جمال الدين ابن الكشك أنه كَانَ حاضراً هو وقضاة دمشق قال: فقمنا فأكببنا عَلَى يديه حَتَّى صرفه، ثُمَّ ادعى شخص أنه من ذرية خليفة بغداد، فأحضر اللنك قضاة دمشق والصدر المناوي، فجلس الصدر فوقهم فأمر بِهِ اللنك فأقيم وأجلس تَحْتَ نواب قضاة دمشق. وقال لَهُ: المسخوط عَلَيْهِ لا يجلس فَوْقَ أحد. قال فكنت أمرّ بِهِ وهو فِي غرفة محتفظاً بع فكان يناديني فأطلع إِلَيْهِ وأتحدث معه.
واتفق أن اللنك أمره أن يكتب إِلَى الناصر فرج كتاباً يأمره فِيهِ بإطلاق أَطْلَمِش قريب اللنك وكان محبوساً بالقلعة من عهد الظاهر. فقال لَهُ الصدر: لستُ فِي هَذِهِ المرتبة، وإنما أكتب إليهم أشفع فِيهِ فقال لَهُ: كذبتَ هَذِهِ كتبهم إليّ أنه لَيْسَ فِي دولتهم