ولما انتقلت الخلافة إلى العراق وأصبحت الكوفة المركز الرسمي لخلافة أمير المؤمنين علي بي أبي طالب عليه‌السلام ، انتقل الصراع السياسي إلى هذا البلد وأصبح مركزاً مهماً لنشوء الأحزاب والمذاهب السياسية ومراكزاً للصراع الفكري والعقائدي والمذهبي ، ثم الأحداث السياسية الخطيرة التي واجهها الإمام أمير المؤمنين عليه‌السلام كانت لها دور كبير لنشوء أفكار وعقائد برزت منها معتقدات غالى أصحابها وشكلت منعطفاً خطيراً في تاريخ المسلمين.

فمن تلك الأحداث المهمة الحروب التي خاضها أمير المؤمنين عليه‌السلام ضد طلحة والزبير ، ومعاوية ، والخوارج ، فكانت الحروب الثلاثة المهمة ؛ حرب الجمل في البصرة ، وحرب صفين ، والنهروان هي الحروب التي خلقت معتقدات كثيرة منشؤها ذاك الاختلاف السياسي والصراع بين كبار الصحابة والتابعين ، والذي كان يدور خلافهم أولاً حول الخلافة والإمامة ثم تطور ليشمل تقديم الفاضل على المفضول أو بالعكس ، والخلاف في الحسن والقبح العقليين وهكذا الخلاف بين القيم والحادث وأمور أخرى مردها سياسي بحت.

إذن الكوفة والبصرة أصبحتا من المراكز المهمة في العالم الإسلامي إذ فيهما نشأت أهم الأحزاب السياسية والمذاهب الفكرية ، فالكوفة كانت علوية الهوى والبصرة كانت عثمانية المذهب.

ففي البصرة نشأت فكرة الاعتزال ، ونضجت فيها أفكار في الدين والسياسة والتي بعضها إلى الغلو أقرب.

وأما الكوفة ، فلم يستتب لها قرار بعد مقتل الإمام أمير المؤمنين عليه‌السلام ، وإنما أصبحت مركزاً عملياً كبيراً يجمع مختلف الطوائف والعقائد ، إلا أن أبرزها هو الفكر الأصيل المتمثل بخط أهل البيت عليهم‌السلام. فاحتفظت بولائها للأئمة عليه‌السلام إلى جانب الإشعاع المذهبي الديني الذي كان يفذيه الإئمة المعصومين عليهم‌السلام.

قد يتصور الباحث أن بإنتهاء الدولة الإسلامية الشرعية من الكوفة ستقوم مقامها دولة لقيطة في الشام يحكمها معاوية بن أبي سفيان ، ثم مصالحة الإمام الحسن عليه اسلام لمعاوية ، سوف تنتقل الاضطرابات السياسة والأحزاب من القراق ـ وبالخصوص الكوفة ـ إلى الشام .. إلا أن هذا التصور غير صحيح ، بل بقبت الكوفة والبصرة مركزاً لتلك المناوشات