با عضويت دو كشور در پيمان مذكور انتظار مى‌رفت كه اختلافات و فراز و نشيبهاى روابط دو كشور همسايه و مسلمان حل و فصل گردد، امّا بر خلاف تصور، عراقيها حسن‌نيّتى در حل مشكلات نشان ندادند و در نتيجه تنش روابط موجود همچنان به قوت خود باقى ماند.
با كودتاى ١٣٣٧ ه. ش عراق و روى كار آمدن «عبدالكريم قاسم» در آن كشور، روابط دو كشور به وخامت بيشتر گراييد، چرا كه علاوه بر اختلافهاى ارضى و مرزى كه از سالها قبل بين دو كشور وجود داشت، اختلافهاى ايدئولوژيك نيز به آن اضافه شده رهبران جديد عراق، حكومت سلطنتى آن كشور را كه گرايش به غرب داشته سرنگون كرده از پيمان بغداد خارج شدند و به كشورهاى تندرو عرب كه تمايل به شوروى سابق داشتند، پيوستند. در نتيجه معادلات سياسى بين غرب و شرق را كه در خاور ميانه وجود داشت بر هم زدند. «١» در سال ١٣٤١ ه. ش رژيم «عبدالكريم قاسم» نيز با يك كودتاى ديگر سرنگون شده، «عبدالسلام عارف» قدرت را به دست گرفت. در دوران حكومت وى و سپس برادرش «عبدالرحمن عارف» كه حدود هفت سال طول كشيد، روابط عراق و ايران بهبود نسبى يافت و مذاكرات وگفتگوها جهت رفع اختلافات دو كشور بطور مرتب در تهران و بغداد انجام گرفت؛ اما كودتاى حزب بعث عراق در سال ١٣٤٧ ه. ش و به قدرت رسيدن «حسن البكر» يك بار ديگر ايران را با رژيم جديدى روبه رو كرد. در ابتداى دوران حكومت بعثيون در عراق روابط دو كشور بازهم رو به تيرگى گراييد. و تا آغاز جنگ پيش رفت، ولى با پادرميانى و ميانجيگرى «هوارى بومدين» رئيس جمهور الجزاير، در كنفرانس سران اوپك در الجزاير، اعلاميه مشتركى بين «محمد رضا» و «صدام حسين» معاون رئيس جمهور عراق در پانزده اسفند ١٣٥٣ ه. ش/ ششم مارس ١٩٧٥ به امضا رسيد كه منجر به ختم اختلافها و حل مسائل مرزى دو كشور شد. «٢»