تا سال ١١٣٩ق در بقعه باقی بود، ولی در آن سال زلزله‌ی شدیدی در شیراز رخ داد و قسمتی از بقعه ویران گردید، قندیل مذكور فروخته و صرف تعمیرات ضروری بقعه گردید، تا اینکه نادر برای بار دوم در سال ١١٤٦ق به شیراز آمد و پس از زیارت بقعه‌ی متبرک احمد بن موسی٧ و صرف ناهار در شاه چراغ که از طرف مرحوم میرزا محمد حسین شریفی متولی آستانه ترتیب داده شده بود، مبلغ دویست تومان پول رایج روز جهت تعمیرات بقعه حواله کرد.[١]

در قرن سیزدهم هجری نیز چند بار بقعه‌ی مبارکه خراب و مجدداً تعمیر و مرمت شد، و فتحعلی شاه قاجار در ١٢٤٣ق ضریحی نقره‌ای وقف آن کرد.[٢]

[١]١. همان، ص ٣٣٨.

[٢]. اقلیم پارس، ص ٦٤.