بزم قدسیان: مشاهیر مدفون در تکیه تویسرکانی تخت فولاد اصفهان - قاسمی، رحیم - الصفحة ١٣٦ - خطابه و منبر
جمله آیه الله حاج آقا جمال الدین نجفی را با وضعی اسفناک به طهران فرستادند. آیه الله نجف آبادی نیز گرفتار شد و حدود شش ماه به زندان افتاد.
در آن شرایط که هرآن احتمال کشتن ایشان می رفت، نذر کرد که اگر از این مهلکه نجات یابد، به منبر رفته و ذکر مصائب حضرت سیدالشهداء علیه السلام نماید. این توسل به بار نشست و آیه الله نجف آبادی به طرز معجزه آسایی از زندان نجات یافت. وی پس از رهایی به نذر خود وفا کرده و تا اواخر عمر، علاوه بر تدریس و امامت جماعت در مدرسه صدر و مسجد قطبیه، در مجالس خصوصی و عمومی به منبر می رفت و پس از موعظه و تفسیر و حدیث، ذکر مصیبت می نمود.
حادثه دستگیری آیه الله نجف آبادی را متفاوت بیان کرده اند؛ ولی گویا نقل زیر که از یکی از نوادگان سید حکایت شده صحیح تر است:
یکی از خوانین نجف آباد به نام یاور، یکی از مسئولین حکومتی معروف به شازده را به نجف آباد دعوت می کند و تصمیم می گیرد که مخارج جشن و استقبال را از مردم بگیرد و جارچی اعلام می کند که مخارج استقبال را باید کشاورزان بپردازند.
مرحوم میر سید علی برخورد بسیار تندی با یاور و دار و دسته اش می کند و به یکی از مأمورین سیلی محکمی می زند. قصه به گوش یاور می رسد و او هم به شازده خبر می دهد، و چون اینها همگی خود را تحت الحمایه روس ها قرار داده بودند خانه میر سید علی مورد تجاوز و غارت روس ها و نیز اراذل و اوباش قرار می گیرد و ایشان را نیز دستگیر و در تاریک خانه کنسولگری روس حبس می کنند. محبس ایشان به گونه ای بوده که راهی برای تشخیص اوقات نماز برای او وجود نداشته و او